Riippumatta siitä, käytetäänkö sitä sivuston isännöintiin tai tietojen tallentamiseen, oikea Linux® -palvelimen hallinta voi auttaa palvelinta toimimaan paremmin. Linux® -palvelimessa on usein tarpeettomia taustapalveluja, ja niiden poistaminen voi vapauttaa muistia. Linuxissa® ei luonnollisesti ole graafista käyttöliittymää (GUI), eikä palvelin sitä yleensä tarvitse, joten sen sammuttaminen voi parantaa suorituskykyä. Palvelin sisältää yleensä tärkeitä tietoja, joten johdonmukaisten varmuuskopioiden tekeminen on yleensä osa vastuullista Linux® -palvelimen hallintaa. Järjestelmänvalvojan on myös tarkistettava palvelimen analytiikka pullonkaulojen ja käsittelyongelmien varalta, mikä saattaa paljastaa, että tarvitaan vahvempaa laitteistoa.
Monilla Linux® -palvelimilla on käynnissä suuri joukko hyödyllisiä taustapalveluja, mutta joitakin niistä ei käytetä. Esimerkiksi “Apmd” -palvelu on yleensä hyödyllinen, koska se auttaa hallitsemaan virtaa, mutta “Xfs” ei välttämättä ole hyödyllinen, koska se ohjaa fontteja. Tarpeettomien palvelujen sulkeminen tarkoittaa, että ne eivät enää vaadi muistia ja että muistia voidaan sitten käyttää tärkeissä prosesseissa.
Linux® -järjestelmässä on luonnollisesti komentoriviliitäntä, mutta graafinen käyttöliittymä on tyypillisesti helpompi käyttää, joten monet asentavat graafisen käyttöliittymän. Vaikka käyttöliittymä voi helpottaa Linux® -palvelimen hallintaa auttamalla järjestelmänvalvojia valitsemaan ohjelmia ja suorittamaan prosesseja, se vie myös muistia. Järjestelmänvalvojat eivät yleensä tarvitse graafista käyttöliittymää, koska palvelin on harvoin suorassa vuorovaikutuksessa, joten se ei yleensä ole ylimääräisen muistin ja käsittelytehovelvoitteiden arvoinen.
Toinen osa tehokasta Linux® -palvelimenhallintaa sisältää järjestelmänvalvojan jatkuvan varmuuskopioinnin. Vaikka palvelimella voi olla paljon yhteisiä tiedostoja, niitä käytetään useammin verkkosivustojen isännöintiin ja tärkeiden asiakirjojen säilytykseen. Jos Linux® -palvelin kaatuu, se voi tarkoittaa kaikkien tiedostojen pysyvää poistamista. Johdonmukaiset varmuuskopioinnit voivat estää tämän tapahtumasta, koska se tallentaa palvelimen tiedostot jonnekin muualle, jolloin kaatuminen ei vaikuta niihin.
Useimmat palvelimet on varustettu analyysiohjelmilla, ja se voi auttaa Linux® -palvelinten hallintaa, jos järjestelmänvalvoja yleensä tarkistaa nämä analyysit. Tämä yleensä raportoi siitä, miten tieto virtaa sisään ja ulos palvelimelta, ja se myös korostaa pullonkauloja. Ymmärtämällä, miksi pullonkaula tapahtuu Linux® -palvelimessa, järjestelmänvalvoja voi ehkä korjata sen. Jos esimerkiksi useita raskaita ohjelmia on käynnissä samanaikaisesti, hajamuistin (RAM) lisääminen voi olla hyödyllistä pullonkaulan lievittämisessä.