Munakoisojen kerääminen oikeaan aikaan on tärkeää, jos haluat saada puutarhasta parhaat, maukkaimmat vihannekset. Munakoisot ovat syötäviä ja valmiita satoon myös kypsymättöminä, vaikka hedelmät ovat pienempiä. Kun munakoisot ovat ylikypsiä, ne muuttuvat koviksi ja katkeraksi. Yksi parhaista vihjeistä munakoisojen keräämiselle on saada ne kiinni, kun ne ovat hieman epäkypsiä, tuntea liha kypsyyden. Käsineiden käyttö sadonkorjuun aikana voi myös estää vammoja.
Munakoisot ovat valmiita sadonkorjuuseen, kun liha on pehmeää, mutta joustavaa. Kun lihaa painetaan, kun se on edelleen kiinni kasvissa, sen pitäisi antaa hieman paineen alaisena, mutta palata sitten nopeasti entiseen muotoonsa. Epäkypsillä munakoisoilla on kova liha, joka ei anna painetta, kun taas ylikypsien munakoisojen liha ei palaa alkuperäiseen muotoonsa.
Munakoisoa korjattaessa on tärkeää tarkkailla joidenkin viljeltyjen lajikkeiden teräviä piikkejä. Yksi parhaista vihjeistä munakoisojen korjuussa on käyttää raskaita käsineitä. Puinen varsi, jossa munakoisohedelmä kiinnittyy kasveihin, voidaan peittää piikikäs piikillä. Terävä veitsi voi auttaa leikkaamaan kovan varren. Osan 1/2-tuuman (1.27 cm) pituinen varsi tulisi jättää munakoison yläosaan, kun hedelmät erotetaan kasvista sadonkorjuuta varten.
Kun munakoisot saavuttavat kypsyyden, ne voivat pysyä laitoksessa muutaman viikon ennen kuin ne ovat ylikypsiä. Ylikypsinä siemenet muuttuvat ruskeiksi ja liha saa puumaisen rakenteen. Kehittyvät munakoisot voidaan korjata ja syödä milloin tahansa sen jälkeen, kun ne ovat saavuttaneet kolmanneksen lopullisesta koostaan. Kypsyessään munakoisojen iho saa kiiltävän ulkonäön. Monet munakoisolajikkeet ovat violetteja, mutta jotkut ovat vaalean violetteja ja valkoisia, joten värin kehitys ei ole aina luotettava keino kypsyyden havaitsemiseen.
Korjuun jälkeen munakoisot mustelmia helposti. Hedelmiä tulee pitää, kun ne on irrotettu kasvista, jotta ne eivät putoa. Munakoisojen korjuun jälkeen ne on asetettava huolellisesti koriin tai laatikkoon. Ne voidaan säilyttää jääkaapissa yhden tai kahden päivän ajan.
Munakoisot imevät paistettuaan paljon öljyä, koska ne ovat meheviä ja täynnä vettä. Yksi tapa vähentää lihan absorboiman öljyn määrää on leikata se, hieroa se suolalla ja antaa sen sitten seistä noin tunti ennen ruoanlaittoa. Ylimääräisen suolan huuhtelun jälkeen munakoisoviipaleet voidaan paistaa, keittää, höyryttää, paistaa tai lisätä keittoihin ja muihin ruokiin.