Mikroaaltouunissa kypsennetty munakoiso on nopeampi tapa kypsentää muuten aikaa vievä ja työläs kasvis. Tämä kypsennysmenetelmä sopii parhaiten melko pienelle munakoisomäärälle, yleensä vain yhdelle tai kahdelle kerrallaan. Munakoisot voidaan keittää mikroaaltouunissa kokonaisina tai paloina tai viipaleina riippuen siitä, miten niitä myöhemmin käytetään.
Perinteisesti munakoiso on suolattava, valutettava ja esivalmistettava ennen kuin sitä voidaan käyttää monissa ruokalajeissa. Mikroaaltouuni munakoiso eliminoi nämä alustavat vaiheet ja lyhentää sekä valmistusaikaa että pahenemista. Aloita munakoisojen mikroaaltouuni, tuoreet, kiinteät näytteet on huuhdeltava perusteellisesti ja kaikki lika tai roskat on poistettava. Varren pää on poistettava, mutta munakoisojen pohja voi pysyä ehjänä.
Tässä vaiheessa on useita vaihtoehtoja, joilla munakoiso valmistetaan parhaiten mikroaaltouuniin. Ihmisillä, jotka aikovat syödä munakoisoaan ilman ihoa, on kaksi vaihtoehtoa: poista iho ennen ruoanlaittoa tai poista se ruoanlaiton jälkeen. Irrota iho ennen ruoanlaittoa asettamalla munakoiso tylpään päähän, jossa varsi oli, ja kuori iho pois terävällä veitsellä tai vihanneskuorimella. Mikroaaltouunissa munakoisot tulee hieroa suolalla ennen keittämistä, jotta iho muuttuu kuivemmaksi, kiinteämmäksi ja helpommaksi poistaa, kun liha on kypsennetty.
Reseptit, jotka vaativat munakoisoa tai munakoisomassaa, voivat alkaa kokonaisilla munakoisoilla mikroaaltouunilla. Sitä vastoin reseptit, jotka edellyttävät viipaleita, paloja tai pyöryköitä, on jaettava näihin muotoihin ennen ruoanlaittoa, koska kypsennetyn lihan käsitteleminen voi olla vaikeaa. Kokonaiset munakoisot voidaan laittaa matalaan lasiastiaan yksi tai kaksi kerrallaan ja mikroaaltouunissa noin 10 minuuttia korkealla lämmöllä. Viipaleet tai pyöreät tulee järjestää yhdeksi kerrokseksi samanlaiselle astialle ja kuutiot voidaan kasata lasikulhoon. Mikroaaltouuni munakoisolla, kun se on ehjä, kestää suunnilleen saman ajan kuin yhden kokonaisen munakoison mikroaaltouunissa.
Kokonainen mikroaaltouunissa kuorittu munakoiso kypsyy loppuun, kun se painuu sisäänpäin ja hedelmäliha on pehmeää. Kuori voidaan kuoria suikaleiksi veitsellä tai yksinkertaisesti puristaa pehmeä munakoison hedelmäliha pois. Nahattomien kokonaisten munakoisojen tulee olla mustelmia kosketuksessa ja myös pehmeää lihaa. Kuutioiden ja viipaleiden tulee olla pehmeitä, mutta säilyttävät muotonsa, ja ne voidaan helposti puhkaista veitsellä. Kun munakoiso kypsennetään mikroaaltouunissa näiden vihjeiden mukaisesti, se on nyt kypsennetty ja valmis käytettäväksi useissa eri resepteissä.