Painettu piirilevy (PCB) -prototyyppikokoonpano on lähes identtinen koko PCB -sarjan kokoamisen kanssa, ja suurin ero on käytettyjen piirilevyjen määrä. Monet osat tuottavat lämpöä piirilevylle, joten keksijän tulisi kuunnella valmistajan ohjeita osien välistä piirilevyjen prototyyppikokoonpanossa. Useimmat piirilevyt on tehty täyttämään tietty tehtävä, ja PCB: n optimointi tähän tehtävään voi vahvistaa prototyyppiä. PCB -prototyyppikokoonpanoa suoritettaessa on yleensä parasta jättää tilaa reunan ympärille turvallisuussyistä. Jotkin piirilevyn osat on sijoitettava tietylle alueelle, ja näiden osien sijoittaminen voi olla helpompaa.
Vaikka piirilevyn prototyyppi ei ole markkinoilla, on yleensä monia kaupallisesti saatavia osia, joita käytetään PCB -prototyypin kokoamiseen. Monissa osissa on valmistajan ohjeet, jotka osoittavat, kuinka kauas toisistaan osat on sijoitettava, jotta kunkin osan tuottama lämpö ei tuhoa lähellä olevia osia. Yleensä on parasta noudattaa tätä PCB -prototyyppikokoonpanon aikana; muuten levyllä voi olla hyvin lyhyt käyttöikä.
Osien valinta PCB -prototyyppikokoonpanoon on tehtävä tarpeen ja toiminnallisuuden perusteella sen varmistamiseksi, että piirilevy on optimoitu tehtävään, jonka se on tarkoitus tehdä. Jos esimerkiksi piirilevyn tarkoituksena on lisätä käsittelynopeutta, on käytettävä komponentteja, jotka parhaiten integroituvat keskusyksikköön (CPU). Tämän pitäisi auttaa piirilevyä toimimaan oikein, ja se helpottaa usein osien keräämistä.
Keksijä pystyy täyttämään piirilevyn sisäosan reunalle komponenteilla, mutta tämä voi olla huono idea. Piirilevyjen prototyyppikokoonpanon aikana keksijän tulee jättää noin 2.5 millimetrin raja ilman osia. Jos reunan lähellä on osia, ne ovat vähemmän kuumuutta kestäviä ja kaikki piirilevyn reunaan kohdistuvat iskut voivat vahingoittaa fyysisesti komponentteja ja pilata piirilevyn.
Suurin osa PCB -prototyyppikokoonpanossa käytetyistä osista voidaan sijoittaa mihin tahansa, mutta jotkut on sijoitettava tiettyyn paikkaan. Vaikka niitä ei vaadita, on tavallisesti helpompi sijoittaa nämä osat ensin. Tämä helpottaa muiden osien suunnittelemista ja varmistaa, että nämä osat saavat oman paikkansa ennen kuin muut osat täyttävät kyseiset alueet.