Perunat on säilytettävä huolellisesti, jotta ne eivät pilaannu. Yleensä ne on säilytettävä viileässä, pimeässä paikassa. Perunoita säilytettäessä on myös varmistettava, että ilma pääsee kiertämään vapaasti niiden ympärillä ja ovat kuivat. Leikattuja tai kuorittuja perunoita voidaan säilyttää lyhyen aikaa kylmässä vedessä, ja valmiit perunaruoat voidaan pakastaa.
Väärin säilytetyt perunat voivat itää, muuttua vihreiksi tai muuttua pehmeiksi ja ryppyisiksi. Yleensä perunoita voidaan säilyttää noin viikon ajan huoneenlämmössä. Tämän ajan jälkeen he alkavat usein mennä huonoon suuntaan. Varastoidut perunat on tarkistettava säännöllisesti ja kaikki ne, jotka ovat alkaneet pehmentyä tai kehittää homeita tai pehmeitä täpliä, poistettava.
Viileä alue on paras säilytettäessä perunoita yli viikon. Lämmin ilma, yli 50 ° F (10 ° C), voi johtaa itämiseen. Juurikellari on yleensä täydellinen paikka perunoiden säilyttämiseen, mutta viileä kellari tai autotalli toimii myös. Jotkut ihmiset jopa haluavat säilyttää ne jääkaapissa, mutta tämä voi hieman muuttaa perunan makua ja väriä.
Alueen, jossa henkilö säilyttää perunoita, tulisi myös olla pimeä. Kun perunat altistuvat valolle, erityisesti auringonvalolle, ne alkavat tuottaa klorofylliä. Tämä voi aiheuttaa kirkkaan vihreitä pisteitä perunoihin. Klorofylli voi saada perunan maistumaan katkeralta, ja se voi myös olla myrkyllistä erittäin suurina määrinä.
Läpinäkymättömiä astioita voidaan käyttää perunoiden säilyttämisessä, jos pimeää kohtaa ei ole saatavilla. Nämä säiliöt on kuitenkin tuuletettava asianmukaisesti, jotta varmistetaan, että ilma kiertää niiden ympärillä. Perunasäiliöissä ei saa olla ilmatiiviitä tiivisteitä, koska ne voivat vangita kosteuden. Tämä vangittu kosteus voi saada perunat pehmeiksi ja ryppyisiksi ja edistää homeen kasvua. Perunoita ei myöskään saa koskaan säilyttää pesun jälkeen, koska ne voivat olla kosteita. Yksilöiden on odotettava, kunnes perunat ovat kypsiä ennen pesua.
Leikatut tai kuoritut perunat muuttuvat usein nopeasti ruskeiksi, jos niitä ei keitetä pian. Jotta perunanliha ei muuttuisi ruskeaksi, leikattuja perunoita voidaan säilyttää kylmän veden astiassa. Jäätä voidaan lisätä veteen sen pitämiseksi kylmänä tai säiliö voidaan säilyttää jääkaapissa. Kylmä vesi pitää perunanlihan yleensä valkoisena useita tunteja.
Yleensä sellaisten perunoiden jäädyttämistä, joita ei ole keitetty, ei suositella. Keitetyt tai valkaistut perunat jäädyttävät kuitenkin yleensä hyvin. Perunaruokia, kuten perunamuusia tai ranskalaista paistettua, voidaan valmistaa etukäteen ja säilyttää pakastimessa.