Portobello -sienien puhdistamiseen liittyy useita vaiheita, joista kaikki eivät ole välttämättömiä tai joskus toivottavia. Varret ovat hyvin puumaisia ja jos ne leikataan pois, ne voidaan kuutioida hienoksi ja paistaa tai pakastaa myöhempää käyttöä varten kasvisliemessä. Gills ei aina tarvitse poistaa, mutta ne voidaan helposti kaavata pois lusikalla. Sienen korkin yläosa, joka on yleensä ruskehtava, voidaan irrottaa varovasti, joten portobello näyttää vaalealta ja puhtaalta. Mikään puhdistusmenetelmistä ei ole todella tarpeellinen, lukuun ottamatta kidusten poistamista, jos sieni on vanhentunut liian paljon ja kidukset ovat haihtuneet.
Yksi sekaannusalue portobello -sienien puhdistuksessa on, pestäänkö ne vedellä. Vaikka sienet imevät pienen määrän vettä, se ei oikeastaan ole riittävän merkittävä vaikutus makuun, ellei sieniä leikata tai liottaa pitkään. Tärkein syy välttää sienien upottamista veteen on se, että sienen pinta vahingoittuu ja pilaa ulkonäön, jos niitä ei käytetä hyvin pian pesun jälkeen. Kun puhdistat portobello -sieniä, joita ei käytetä ennen kuin muutama tunti tai muutama päivä sen jälkeen, on parasta käyttää kosteaa liinaa lian poistamiseen pinnalta.
Portobello -sienen korkin alla olevat kidukset poistetaan usein, koska ne saavat ruoan saamaan tumman värin, vaikka kidukset ovat täysin syötäviä ja voivat lisätä ruokaan maanläheisen maun. Ne on helppo poistaa pitämällä sieniä ylösalaisin ja raaputtamalla ne pois lusikan kärjellä. Jos kidukset ovat avautuneet ja niillä on epämiellyttävä haju, ne on ehdottomasti poistettava. Puhdista portobello -sieniä kiduksistaan varoen, koska ne voivat silti tummentaa leikkuulaudat tai muut ruoat, jos ne joutuvat kosketuksiin niiden kanssa, vaikka ne voidaan yleensä pestä pois, jos ne jäävät kiinni riittävän pian.
Myös sienen korkin päällä oleva pinta voidaan poistaa. Ohut iho voidaan irrottaa nauhoina, yleensä tarttumalla pieni pala korkin ulkoreunaan ja vetämällä ylöspäin. Sienenpuhdistusharja tai vihannesharja voi myös toimia. Tärkein syy poistaa iho puhdistettaessa portobello -sieniä on luoda yhtenäinen esitys, kun niitä käytetään salaateissa tai valkoisissa kastikkeissa.