Rootkit -poisto voi olla vaikea ja turhauttava prosessi, vaikka on olemassa useita vinkkejä, jotka voivat helpottaa prosessia. Tietyt tietoturvaohjelmat voivat melko luotettavasti havaita ja käsitellä tietokoneessa mahdollisesti olevia juuripaketteja, vaikka kaikki tietoturva- ja virustentorjuntaohjelmat eivät pysty tähän tehokkaasti. Rootkit voidaan poistaa manuaalisesti, vaikka tämä saattaa olla epäkäytännöllistä monille tietokoneen käyttäjille. Rootkit -poisto voi mahdollisesti edellyttää tartunnan saaneen kiintolevyn alustamista uudelleen ja minkä tahansa aseman käyttöjärjestelmän uudelleenasentamista myöhemmin.
Rootkit on eräänlainen haittaohjelmisto tai haittaohjelma, joka voi päästä tietokonejärjestelmään ja asennetaan käyttöjärjestelmän eri tasoille. Kun rootkit on järjestelmässä, se yleensä piilottaa muita haittaohjelmia, kuten viruksia tai matoja, tai antaa luvattomille käyttäjille pääsyn tietokonejärjestelmään takaoven kautta. Rootkit -ohjelmiston poistaminen voi kuitenkin olla erittäin vaikeaa, koska rootkit vaikuttaa tietokonejärjestelmään, ja jopa olemassa olevan juuripaketin havaitseminen on epätodennäköistä tavallisten virustentorjuntatarkistusten avulla. Paras ja helpoin tapa poistaa rootkit on ehkäisy, yleensä käyttämällä virustentorjuntaohjelmaa ja muita suojausohjelmistoja.
Kun rootkit on läsnä tietokonejärjestelmässä, rootkit -poistoa voi kuitenkin joskus auttaa turvaohjelma, joka on suunniteltu poistamaan rootkitit. Monissa tietoturvapaketeissa, kuten virustentorjuntaohjelmissa, joissa on muita suojausominaisuuksia, ei ole juuripakettien poistamiseen tarvittavia apuohjelmia, joten erikoisohjelmisto on usein tarpeen. Tämä ohjelmisto tarvitsee tyypillisesti ajaa asemalta, joka ei ole saastunut, kuten CD -levyltä (CD) tai yleiseltä sarjaväylältä (USB). Jopa tämäntyyppinen rootkit -poisto voi epäonnistua, riippuen rootkitista ja siitä, kuinka hyvin se on suojattu suojausohjelmistolta.
Yksi tehokkaimmista rootkit -poistotavoista, vaikkakin melko raju, on saastuneen kiintolevyn alustaminen kokonaan uudelleen. Tämä poistaa kaikki asemalla olevat tiedot, mukaan lukien käyttöjärjestelmän tiedostot, asemaan asennetut ohjelmat, käyttäjän luomat henkilökohtaiset tiedostot ja kiintolevylle asennetut ohjaimet. Kun kiintolevy on alustettu uudelleen, rootkit -poiston pitäisi olla valmis, ja käyttöjärjestelmä ja muut tiedostot voidaan asentaa uudelleen ja asettaa asemaan. Tiedostot voidaan palauttaa tartunnan saaneesta asemasta ennen alustamista, mutta tämä on tehtävä huolellisesti, jotta rootkit ei leviä laitteelle, johon tiedostot kopioidaan.