Perinteinen basilika -pesto sisältää paljon rasvaa lisättystä oliiviöljystä, juustosta ja pähkinöistä. Vaikka öljystä ja pähkinöistä peräisin olevat rasvat ovat tyydyttymättömiä ja niitä pidetään yleisesti sydämen terveinä, kokki saattaa haluta valmistaa terveellisen pestoa, jossa on vähemmän rasvaa ja vähemmän kaloreita jättämällä pois kaikki tai kaikki rasvaiset ainesosat. Kokki voi myös jättää juuston pois tai korvata vähärasvaisen version terveellisemmälle pestoon. Jos basilikaa ei ole saatavilla, hän voi korvata sen muilla vihreillä, kuten argula tai lehtikaali.
Yleensä pähkinöitä, kuten pinjansiemeniä tai saksanpähkinöitä, lisätään pestoon maun ja koostumuksen vuoksi. Pähkinät lisäävät sekä rasvaa että proteiinia. Terveellisen peson valmistamiseksi kokki saattaa haluta vähentää reseptiin lisättyjen pähkinöiden määrää. Jos esimerkiksi resepti vaatii 1/4 kuppia (25 grammaa) pinjansiemeniä, hän voi vähentää määrän 2 rkl (12 grammaan). Pähkinät sisältävät runsaasti omega-3-rasvahappoja, joten kokki saattaa haluta käyttää niitä pinjansiementen sijasta.
Vähentääksesi terveen pesto -kaloreita entisestään kokki saattaa haluta vähentää käytettyä parmesaania tai muuta kovaa, vahvaa juustoa. Kokki voi tehdä pesto vegaaniseksi korvaamalla parmesanin pehmeällä tai silkkisellä tofulla. Hän voi myös käyttää osittain rasvatonta ricottajuustoa pienen määrän parmesaania. Ricotta tai tofu antavat kastikkeelle myös proteiinia. Maukkaampaa versiota varten hän voi yrittää korvata vuohenjuuston Parmesanilla ja oliiviöljyllä.
Monissa pestoresepteissä käytettyä öljyä voidaan myös vähentää jopa puoleen kalorien ja rasvan vähentämiseksi. Öljyn määrän vähentämiseksi kokin on lisättävä toinen neste. Pestoa voi ohentaa vedellä. Sitruunamehu lisää hieman tanginess kastikkeeseen. Jos oliiviöljyn määrää vähennetään, kokin tulisi käyttää parasta mahdollista öljyä varmistaakseen, että sen maku loistaa läpi.
Terve pesto ei rajoitu vain basilikan lehtiin. Jotkut kokit korvaavat basilikan persiljalla, varsinkin talvikuukausina, jolloin tuoretta basilikaa ei ehkä ole saatavilla. Toinen vaihtoehto on käyttää rucolaa, joka antaa pestolle pippurisen maun. Lisää ravinteita kokki voi lisätä kourallisen lehtikaalia pestoon basilikan rinnalle.