Verkkosisällön suojaus on suuri ongelma sekä suurille verkkosivustoille, joissa on monimutkaisia sisältöjärjestelmiä ja tietokantoja, että pienille verkkosivustoille, joilla on yksinkertainen Hypertext Markup Language (HTML) -käyttöliittymä. Yksi ensimmäisistä isoista asioista, jotka verkkosivuston omistajan on ymmärrettävä, on se, että vaikka sivusto on pieni eikä sisällä arvokasta tietoa, hakkerit voivat silti kohdistaa sen. Sivuston omistajan on myös tarkistettava verkkosivustolta syöttövirheiden varalta, kuten sellaisten, joiden avulla käyttäjät voivat kirjoittaa HTML -koodia tai muuta koodausta syöttöalueille. Muita verkkosisällön turvallisuuden varmistamisen alueita ovat käyttäjän käyttöoikeusasetukset ja tietojen validointi. On myös ymmärrettävä tietojenkalasteluhuijaukset ja pidättäydyttävä asettamasta arkaluonteisia tietoja koodaukseen.
Monet verkkosivustojen omistajat, sekä suuret että pienet, uskovat tyypillisesti, että heillä on verkkosivusto, jota ei hakkeroida tai jota ei kannata hakata. Tämä pätee todennäköisesti useimpiin verkkosivustojen omistajiin, etenkin niihin, jotka omistavat pieniä verkkosivustoja ja julkaisevat tietoja jokapäiväisestä elämästä. Useimmat hakkerit hyökkäävät suurille verkkosivustoille, koska niillä on arvokasta tietoa, mutta toiset hyökkäävät pienille sivustoille huvin vuoksi. Sivuston koosta riippumatta se voidaan hakkeroida, joten tietoturvan on aina oltava omistajan mielessä.
Monilla verkkosivustoilla on alue, johon vieraat voivat syöttää tietoja, kuten kommenttiosio. Jos verkkosivustolla ei ole rajoja sille, mitä arvoja voidaan syöttää, tai se sallii ohjelmointikielien suorittamisen näistä tuloista, viruksen voi helposti sijoittaa syötteeseen. Jos esimerkiksi kommenttiosio sallii käyttäjien käyttää JavaScript® -ohjelmaa, hakkeri voi kirjoittaa komentosarjan varastamaan verkkosivuston evästetiedot. Verkkosisällön suojaamiseksi järjestelmänvalvojan on asetettava tulot, jotta ohjelmointikielet eivät aktivoitu.
Sivustolla, jolla työskentelee useita käyttäjiä kerralla, kaikkien käyttäjien käyttöoikeudet on sijoitettava vähintään. Jos käyttäjän tarvitsee vain lukea joitain tietoja tietokannasta, järjestelmänvalvojan tulee sallia vain tämä käyttöoikeus eikä mitään muuta. Todennus- ja validointiohjelmat auttavat suojaamaan, tarkistamaan kaikki saapuvat ja lähtevät tiedot. Vaikka useimmat työntekijät eivät varasta tietoja, he työskentelevät lähimpänä verkkosivustoa ja voivat helposti vaarantaa verkkosisällön turvallisuuden.
Tietojenkalasteluhuijauksia voidaan käyttää verkkosivustolle siirtymiseen ja kaiken verkkosisällön uudelleen kirjoittamiseen tai poistamiseen. Tietojenkalasteluhuijauksessa hakkeri lähettää sähköpostiviestin, joka esiintyy yrityksenä, kuten verkkotunnuksen isännöintiyrityksenä. Sähköpostissa sanotaan, että isäntä tarvitsee arkaluonteisia tietoja, kuten verkkovastaavan järjestelmänvalvojan salasanan. Järjestelmänvalvojien ei pitäisi koskaan antaa arkaluonteisia tietoja sähköpostissa, koska tämä johtaa lähes varmasti verkkosisällön tietoturvaongelmiin.
Monilla ohjelmointikielillä on tunniste, jonka avulla ohjelmoija voi kirjoittaa muistiinpanon. Nämä muistiinpanot ovat yleensä jotain pientä, kuten yksityiskohtia toiminnon toiminnasta, mutta muut muistiinpanot ovat vaarallisia. Jotkut uudet ohjelmoijat voivat jättää koodiin salasanan, jonka kuka tahansa voi lukea. Järjestelmänvalvojien ja ohjelmoijien tulee tarkistaa tällaiset arkaluonteiset tiedot ja poistaa ne välittömästi koodista.