Onnistuneen voittoa tavoittelemattoman liiketoiminnan harjoittaminen edellyttää vankkaa ymmärrystä sijainnista ja organisaatiokohtaisista kirjanpitosäännöistä. Voittoa tavoittelemattoman kirjanpitojärjestelmän rakentaminen, joka täyttää paikalliset vaatimukset, on yksi tapa noudattaa niitä. Rahoitustoiminnan perusteellinen ja eettinen kirjanpito lisää myös voittoa tavoittelemattoman kirjanpidon tarkkuutta ja laillisuutta.
Voittoa tavoittelemattomien järjestöjen ei tarvitse hakea verovapautusta, mutta se voi lisätä organisaation tavoitteisiin käytettävissä olevia varoja. Poikkeusvaatimukset ovat aluekohtaisia, ja niistä on kuultava lisätietoja. Voittoa tavoittelemattoman aseman saaminen ei tarkoita liittovaltion verovapautusta esimerkiksi Yhdysvalloissa.
Voittoa tavoittelemattomien kirjanpito-osastojen tulisi olla tietoisia siitä, että kirjanpitomenettelyt vaihtelevat maantieteellisen sijainnin mukaan. Monet yhdysvaltalaiset yritykset käyttävät yleisesti hyväksyttyjä kirjanpitoperiaatteita, kun taas monet kansainväliset yritykset käyttävät kansainvälisiä tilinpäätösstandardeja. Myös verovaatimukset vaihtelevat alueittain.
Kirjanpitoon perehtyneen pitäminen henkilöstössä voi olla hyödyllistä kirjanpitojärjestelmän perustamisessa tai verojen ilmoittamisessa, mutta organisaatiot, joilla ei ole tätä ylellisyyttä, voivat harkita itseopetusohjelmien suorittamista tai ulkopuolisen avun palkkaamista. Niille, jotka haluavat täyttää vaaditut lomakkeet itse, paikalliset veroviranomaiset tarjoavat usein oppaita lomakkeista ja menettelyistä. Valtuutetut kirjanpitäjät voivat myös antaa paljon tietoa käytännöistä ja menettelyistä.
Hyvä kirjanpito edellyttää menestyksekästä kirjanpitoa. Sääntöjen, organisaatiopolitiikkojen ja verovaatimusten saatavuus taloushallinnon johtajalle voi olla hyödyllistä. Jotkin kirjanpito -ohjelmistot varoittavat käyttäjiä, kun heiltä puuttuu tietoja, mutta niille, jotka toimivat ilman ohjelmistoa, vaatimusten tarkistuslista voi pitää työntekijät tietoisina menettelyvaatimuksista.
Tiettyjen verovaatimusten tunteminen auttaa organisaatioita luomaan myös tukevia kirjanpitojärjestelmiä. Esimerkiksi voittoa tavoittelemattomien yritysten Yhdysvalloissa on toimitettava raportti, joka sisältää asianmukaisen 990-lomakkeen jokaisena verovuonna. Vaadittu raportti sisältää taseen kaltaisen tilinpäätöslaskelman, tuloslaskelman kaltaisen toimintakertomuksen ja kassavirtalaskelman. 990 vaatii tietoja aikatauluista, muista maksuista kuin käteismaksuista, verottomista joukkovelkakirjoista ja johtajien palkoista. Tästä syystä Yhdysvaltojen voittoa tavoittelematon kirjanpitojärjestelmä voitaisiin mallintaa näissä erityisissä veroasiakirjoissa vaadittujen tietojen perusteella arkistointimenettelyjen helpottamiseksi.
Suurin ero voittoa tavoittelemattomien ja voittoa tavoittelemattomien yritysten kirjanpitomenettelyissä on menojen ja tulojen luokittelu. Verovapaat tulot luokitellaan usein tukityypin mukaan, koska voittoa tavoittelematon rahoitus voi olla peräisin useista eri lähteistä. Voittoa tavoittelemattomat kulut tietyissä paikoissa on myös merkittävä, jotta voidaan varmistaa, että organisaatiokulut käyttävät kerättyjä tuloja asianmukaisesti.
Taloushallinnon ohjelmistot voivat tarjota apua myös voittoa tavoittelemattomille kirjanpito-osastoille. Voittoa tavoittelemattomaan kirjanpitoon sopivat ohjelmistopaketit eroavat hieman voittoa tavoittelemattomien yritysten ohjelmistoista. Esimerkiksi voittoa tavoittelematon kirjanpito-ohjelmisto sisältää mahdollisuuden luokitella kulut useilla tarroilla ja mahdollisuuden erottaa tulot ja niiden vaatimukset.