On muutamia asioita, jotka ihmisten tulisi pitää mielessä voidakseen tarkastella näytteitä ja dioja oikein yhdistelmämikroskoopilla. Ensinnäkin mikroskoopista on huolehdittava asianmukaisesti, jotta linssi ja liikkuvat osat eivät vahingoitu. Mikroskoopin toiminnan ymmärtäminen ja siitä, mitkä nupit ohjaavat mikroskoopin osia, on myös tärkeää yhdistelmämikroskoopin käytössä, jotta käyttäjä voi säätää tarkennusta ja diaa ilman ongelmia.
Ensimmäinen vaihe yhdistelmämikroskoopin oikeassa käytössä on asettaa mikroskooppi tukevalle pöydälle tai laskurille. Jos pöytä värisee, kun käyttäjä katsoo mikroskoopin läpi, diaan on vaikea keskittyä oikein. Kun mikroskooppi on paikallaan, dia voidaan asettaa lavalle ja linssi asettaa paikalleen. Kun diaa tarkastellaan ensin, on paljon helpompaa aloittaa pienimmällä suurennuksella varustetulla objektiivilla, jotta näyte voidaan keskittää ennen suuremman suurennuksen käyttöä.
Toinen vinkki yhdistelmämikroskoopin käyttöön on valolähteen säätäminen, jos mahdollista, niin että se on kirkas, mutta ei niin kirkas, että se vahingoittaa käyttäjän silmiä. Mitä kirkkaampi valonlähde, sitä helpompi on katsella diaa. Yhdistelmämikroskooppia tarkasteltaessa on hyvä pitää tapana pitää molemmat silmät auki, vaikka silmiä ei rasittaisi vain yksi.
Kun tarkennat yhdistelmämikroskooppia, karkea tarkennus on säädettävä ennen tarkkaa tarkennusta. Karkea tarkennus siirtää lavaa ylös ja alas huomattavan määrän, kun taas hieno tarkennus liikuttaa sitä vain hieman. Kun säädät lavan korkeutta, käyttäjän tulee olla varovainen, ettei luisti pääse kosketuksiin linssin kanssa. Oikeassa yhdistelmämikroskoopin käytössä näyte kohdistetaan pienimpään suurennukseen ja ennen suuremman suurennuksen käyttöä.
Mikroskoopin kunkin osan tietäminen on myös tärkeää yhdistelmämikroskoopin käytössä. Käyttäjä, joka tunteen perusteella tietää, mistä karkeat ja hienot tarkennusnupit löytyvät, voi tehdä säätöjä unohtamatta näytettä, mikä on tärkeä taito elävien tai liikkuvien organismien tarkkailussa. On myös tärkeää ymmärtää, miten diaa siirretään, jos sitä on säädettävä, koska mikroskoopin läpi näkyvä kuva on sekä käänteinen että ylösalaisin.