Protonipumpun estäjien sivuvaikutukset ovat yleensä lieviä ja vaihtelevat riippuen potilaan käyttämästä merkistä. Tämäntyyppisiä lääkkeitä käytetään usein gastroesofageaalisen refluksitaudin (GERD), liiallisen mahahapon oireiden hoitoon, ja ne voivat myös auttaa ehkäisemään tai hoitamaan mahahaavoja. Ne toimivat vähentämällä mahahapon määrää. Muutamia esimerkkejä protonipumpun estäjälääkkeistä ovat omepratsoli, esomepratsoli ja raberpratsoli.
Jotkut protonipumpun estäjien vähäisistä sivuvaikutuksista voivat sisältää pahoinvointia, vatsavaivoja ja ilmavaivoja. Oksentelua ja ripulia voi esiintyä tai potilaalla voi esiintyä ummetusta. Jotkut protonipumpun estäjät voivat myös aiheuttaa kuumetta tai kylmäoireita, kuten kurkkukipua, aivastelua ja vuotavaa nenää. Muut potilaat ovat raportoineet päänsärkyä, uneliaisuutta ja suun kuivumista. Jos jokin näistä haittavaikutuksista on jatkuva tai vaikeutuu, potilaiden on keskusteltava siitä lääkärin määräävän lääkärin kanssa.
Joillakin potilailla on mahdollista saada allerginen reaktio protonipumpun estäjälle. Tämä vaatii kiireellistä lääkärinhoitoa, ja sen voi ilmaista kurkun, huulten tai kasvojen turvotus. Muita allergisen reaktion oireita voivat olla nokkosihottuma, ihottuma ja hengitysvaikeudet.
Muita harvinaisia, mutta vakavia protonipumpun estäjien sivuvaikutuksia voivat olla kouristukset, nykivät lihasten liikkeet ja erittäin heikko tai veltto olo. Myös lihaskramppeja, nopeaa tai epätasaista sykettä ja hermostuneisuutta voi esiintyä. Jotkut ihmiset ovat myös ilmoittaneet sekavuudesta, huimauksesta ja yskästä sekä tukehtumisesta.
Potilaiden tulee noudattaa huolellisesti kaikkia annostusohjeita, koska näiden lääkkeiden yliannostus on mahdollista. Joitakin protonipumpun estäjien yliannostuksen sivuvaikutuksia voivat olla näön hämärtyminen, nopea sydämenlyönti ja uneliaisuus. Pahoinvointia, oksentelua ja suun kuivumista voi esiintyä sekä päänsärkyä ja liiallista hikoilua.
Protonipumpun estäjää käyttävien tulee olla tietoisia siitä, että pitkäaikainen käyttö tai suuret annokset voivat lisätä tätä osteoporoosiin liittyvien murtumien mahdollisuutta. Tämän komplikaation riski yleensä kasvaa 50 -vuotiailla tai sitä vanhemmilla aikuisilla. Näitä murtumia voi esiintyä erityisesti selkärangassa, lonkassa ja ranteessa.
Protonipumpun estäjien sivuvaikutusten riskin vähentämiseksi potilaiden tulee kertoa muista sairauksistaan, lääkkeistään ja lisäravinteistaan. Raskaana olevien tai imettävien naisten tulee keskustella tästä lääkärin kanssa. Näiden lääkkeiden ottaminen voi olla vaarallista, jos potilaalla on vatsakipua, usein rintakipua tai pahoinvointia ja oksentelua. Yhteisvaikutuksia muiden lääkkeiden ja lisäravinteiden kanssa voi esiintyä, erityisesti veren ohennusaineiden, diureettien ja raudan kanssa.