Eri puhelinvastaajaohjelmistot määritellään useimmiten niiden tarjoamien ominaisuuksien perusteella. Näitä ovat sanoman pituus, jonka ohjelmisto pystyy tallentamaan, ja äänenlaatu, joka on toisinaan huomattavasti parempi kuin tavallisella puhelinvastaajalla. Jotkin ohjelmistot pystyvät myös lajittelemaan saapuvat viestit eri kansioihin priorisointia varten. Muissa ohjelmistoissa on myös faksitoiminto.
Perusedellytys käyttää ohjelmistoja fyysisen koneen sijaan puheluihin vastaamiseen ja viestien tallentamiseen tarjoaa monia etuja. Vastaajan ohjelmisto pystyy käsittelemään saapuvaa dataa tavoilla, joita oma kone ei pysty. Käyttöliittymä, jossa käytetään todellista ohjelmistoa vain muutaman painikkeen koneen sijasta, tarjoaa myös mahdollisuuden vuorovaikutukseen monimutkaisemmalla tavalla. VoIP-puheluiden kehityksen myötä ohjelmistopohjaisesta puhelinvastaajasta tulee entistä houkuttelevampi vaihtoehto.
Yksi kaikkien puhelinvastaajaohjelmistojen tehokkaimmista ominaisuuksista on kyky tallentaa niin paljon äänidataa kuin tallennuslaitteelle mahtuu. Äänenlaatu saattaa olla jopa parempi, koska digitaalinen data ei heikkene ajan myötä kasetin tapaan. Viestin digitaalinen tallennus tarkoittaa myös toiston hallintaa, jolloin kuuntelija voi ohittaa viestin tai arkistoida sen myöhempää kuuntelua varten.
Toinen ominaisuus tietyntyyppisissä puhelinvastaajaohjelmistoissa on kyky lajitella saapuvat viestit erityisiin kansioihin. Tämä mahdollistaa tuntemattomien soittajien viestien sijoittamisen yhteen kansioon, kun taas tunnettujen ystävien puhelut voidaan soittaa toiseen kansioon, jolloin käyttäjä voi priorisoida ensin kuunneltavat. Jotkin ohjelmistot jopa mahdollistavat teksti- ja kuvaviestien vastaanottamisen ja lajittelun.
Internet -yhteyden tyypistä riippuen tietyt puhelinvastaajaohjelmistot voidaan määrittää lähettämään hälytyksiä muille laitteille tai sähköpostitileille. Ohjelmisto voi vastaanottaa viestin ja lähettää sitten sähköposti -ilmoituksen työ -sähköpostiosoitteeseen, jossa on tiedot siitä, kuka soitti ja kuinka kauan viesti on. Se voi jopa sisältää mahdollisuuden lähettää tekstiviestejä verkkopohjaisen käyttöliittymän kautta.
On olemassa erityyppisiä puhelinvastaajaohjelmistoja, jotka yrittävät olla enemmän kuin vain tallennusohjelmistoja. Tämä voi sisältää ohjelman, jossa on myös äänentunnistus, jonka avulla ohjaimia voidaan navigoida yksinomaan äänikomentojen avulla. Joissakin ohjelmissa on myös puhelinvalintatoiminto, joten kun viesti on kuunneltu, puhelinnumero voidaan soittaa takaisin pyynnöstä puhelun aloittamiseksi.
On myös erilaisia puhelinvastaajaohjelmistoja, jotka sisältävät muita vaihtoehtoja, kuten faksilähetyksen vastaanottamisen. Samantyyppiseen ohjelmistoon saattaa kuulua myös mahdollisuus lähettää faksi. Yhdistämällä puhelinvastaajan kyvyt, pääsyn reaaliaikaiseen puhelinlinjaan ja täysin muokattavissa olevan tietokoneohjelmiston tehon, on rajattomasti yhdistetty toimintoja, joita vastaajaohjelmisto voi käyttää.