Vaikka metallihuilu on yleensä suosituin laji, puuhuilulla on joitain etuja, minkä vuoksi jotkut muusikot pitävät tästä tyypistä. Esimerkiksi puuhuilut tunnetaan metallihuiluja rikkaamman ja voimakkaamman äänen luomisesta, mikä voi tehdä niistä erityisen suosittuja kansanmusiikkia soitettaessa. Lisäksi ne ovat melko harvinaisia, mikä tarkoittaa, että ne, jotka valitsevat tämän instrumentin, tuottavat todennäköisesti ainutlaatuisen äänen. Tämän tyyppisessä huilussa on myös joitain haittoja, mukaan lukien se, että sen soittaminen vaatii enemmän tehoa, mutta tämä voidaan korjata ohentamalla puuta hieman.
Puisen huilun tuottama ääni on yleensä metallityyppistä kiinteämpää, ja siinä on usein myös maanläheistä sävyä. Tästä syystä se sopii yleensä paremmin perinteiselle kansanmusiikille kuin konserttiorkestereille. Kun voimakas soundi katsotaan tärkeämmäksi kuin laaja, puuhuilu voi olla paras. Tuloksena oleva ääni on usein ainutlaatuinen, mikä auttaa muusikkoa erottumaan joukosta soittaessaan.
Toinen puuhuilujen etu on, että ne ovat harvinaisempia kuin metallihuilut. Tämä tekee niistä houkuttelevia niille, jotka keräävät epätavallisia instrumentteja, koska ne voivat olla mukava lisä kokoelmaan. Tämä pätee erityisesti halkaisetusta puusta valmistettuihin huiluihin, koska puun halkaiseminen voi auttaa pääsemään eroon vioista, jolloin materiaali ei todennäköisesti halkeile tulevaisuudessa. Halkaistuista puusta valmistetut huilut ovat yleensä harvinaisempia ja kalliimpia, mutta ne myös kestävät yleensä pidempään kuin hirsistä sahatut.
Yksi puuhuilun suurimmista haitoista on, että siihen puhalletaan yleensä enemmän lihasta kuin metallihuilun. Tämä tarkoittaa, että muusikoiden on usein ponnisteltava enemmän soittaessaan; tämä saa heidät väsymään helpommin, joten he eivät voi soittaa instrumenttia pitkään. Lisäksi ne eivät tyypillisesti pysty tuottamaan kevyttä, ilmavaa ääntä, kuten metallihuilulla, koska heidän on puhallettava huiluun kovasti tuottaakseen musiikkia ollenkaan. On kuitenkin olemassa ohuempirunkoisia puisia huiluja, ja muusikot voivat käyttää vähemmän energiaa soittaessaan tätä instrumenttia. Tämä saattaa olla paras vaihtoehto niille, jotka haluavat puisen huilun maanläheisen äänenlaadun väsymättä nopeasti kappaleiden aikana.