Puupuhallinmusiikki on laajasti jaettu kahteen päätyyppiin: performanssimusiikki, mahdollisesti monipuolisin, ja etudi- tai opetusmusiikki. Soittajat ja säveltäjät jakavat puupuhaltimusiikin edelleen soittamiseen ryhmiin instrumenttien perusteella. Esimerkiksi yksi instrumentointi on huilu, oboe, klarinetti, sarvi-joka teknisesti kuuluu labrofoni- tai huulivärähtelyinstrumenttiperheeseen-ja fagotti, yleisimmin käytetty ryhmä puupuhallinkvintetille. Puupuhallinmusiikki ryhmittelee joskus soittimia perheisiin, kuten oboa, englanninsarvea ja fagottia vaativan teoksen. Tärkeä huomautus on, että puupuhallinmusiikkia pidetään edelleen puupuhallinmusiikkina, vaikka tuki -instrumentit eivät ole puupuhaltimia. Esimerkiksi oboosoloa voi tukea jousikvartetti.
Puupuhaltimien musiikki, joka on samanlainen kuin puhallin-, lyömäsoitin- tai jousisoittimien musiikki, voidaan luokitella soittimien sijaan soittimien määrän perusteella. Puupuhaltimien musiikkityyppeihin kuuluvat siis soolot, duetot, triot, kvartetit, kvintetit, sekstetit, septetit, oktetit. Jälleen kerran luokittelussa käytetään ensisijaisia puupuhaltimia, ei tukisoittajia. Esimerkiksi klarinetille ja orkesterille tehty teos on edelleen klarinetin soolo. Concerto grosso, instrumentaatio, jossa orkesteri tukee pientä konserttimuotoista solistiryhmää ja on sen vastakohtana, voi sisältää puupuhallinryhmän.
Esityksiä varten puupuhallinmusiikki kirjoitetaan myös sen suunnitellun esiintymispaikan perusteella, ja puupuhallinmusiikki luokitellaan laajalti joko maalliseksi tai uskonnolliseksi. Maallisella puupuhallinmusiikilla on paljon pidempi historia, ja puupuhallinmusiikista on todisteita tuhansien vuosien takaa. Hyvin yksinkertaisia versioita huiluista soitettiin Kiinassa, esimerkiksi lähes tuhat vuotta ennen Kristuksen aikaa, kun taas kreikkalaiset soittivat aulosia, erittäin varhaisia instrumenttien edeltäjiä, kuten oboa, jossa oli kaksi putkea yhdellä suukappaleella. Kirkolle tarkoitettu puupuhallinmusiikki alkoi ottaa vakavasti vasta renessanssin ja barokin aikana, koska monet lahkot eivät uskoneet, että soittimilla olisi paikka palvonnassa ja että ääni olisi sopivampi. Raja maallisen ja uskonnollisen musiikin välillä ei kuitenkaan ollut aina selvä, mutta kirkon instrumentaalimusiikki perustui yhteisiin maallisiin tai kansanaiheisiin.
Etude tai puupuhaltimien opetusmusiikkia ei yleensä käytetä esitykseen. Se on tarkoitettu vain parantamaan pelaajan tekniikkaa tai hallintaa. Suuri osa tämän tyyppisestä musiikista pakottaa puupuhaltimen työskentelemään vaikeiden sormitusyhdistelmien avulla tai parantamaan laitteistoa, mutta osa puupuhaltimien etudimusiikista keskittyy sellaisiin esineisiin kuin tietyt artikulaatiot tai sävy. Etudimusiikki tutustuttaa soittajat myös perusasioihin, kuten asteikot ja arpeggiot. Pelaajat yhdistävät tämän tyyppisen musiikin usein performanssimusiikkiin, vaikka se on erilaista, koska opetusmusiikki parantaa suorituskykymusiikin toistamiseen tarvittavia kykyjä.