C-leikkaus voi olla hengenpelastava vaihtoehto, kun raskauden tai synnytyksen aikana ilmenee ongelmia, mutta tämäntyyppinen leikkaus aiheuttaa vaaraa vauvalle. Yleisimmät ongelmat, jotka voivat vaikuttaa keisarileikkauksen vauvoihin, ovat alhaiset pisteet Apgar -testeissä, jotka mittaavat vastasyntyneen terveyttä; vaikeuksia hengittää; ja ennenaikainen toimitus. C-leikkauksen aikana lääkäri tekee viillon äidin vatsaan ja kohtuun vauvan synnyttämiseksi. Vaikka vauva on harvinainen, on myös mahdollista, että vauva vahingoittuu vahingossa leikkauksen aikana.
Apgar -testit annetaan yleensä kahdesti vastasyntyneelle. Ensimmäinen testi annetaan noin minuutti syntymän jälkeen ja toinen testi annetaan viisi minuuttia myöhemmin. Tämä testi käyttää vastasyntyneen arvioimiseen viittä kriteeriä: hengitys, syke, ihon väri, aktiivisuus ja reagointikyky. Keisarileikkauksen vauvoilla on yleensä alhaisemmat Apgar -pisteet kuin emättimellä synnytetyillä vauvoilla.
Äidille C-leikkaukselle annettu anestesia voi ylittää istukan ja aiheuttaa vauvan väsymyksen synnytyksen yhteydessä. Tämä aiheuttaa alhaisemman Apgar -pistemäärän. Lisäksi anestesiasta väsyneillä keisarileikkausosilla voi olla vaikeuksia pysyä hereillä aloittaakseen imetyksen. Tämä voi viivästyttää maidontuotantoa ja lykätä äidin ja vauvan välistä sidoskokemusta.
Emättimen synnytys stimuloi vauvaa, kun taas keisarileikkaus vauvat eivät saa tällaista stimulaatiota. Tämä stimulaation puute voi alentaa Apgar -pisteitä keisarileikkauksen vauvoilla. Se voi myös johtaa hengitysvaikeuksiin.
Emättimen synnytyksen aikana lapsen keho puristuu. Tämä puristus on hyödyllinen vauvalle, koska se auttaa poistamaan nestettä keuhkoista. Keisarileikkauksen vauvoilla on täysin erilainen syntymäkokemus, eivätkä he saa tätä puristusta. Tämä ei kuitenkaan tarkoita, että kaikilla keisarileikkauksen vauvoilla olisi kuitenkin hengitysvaikeuksia. Hengitysvaikeuksia esiintyy yleensä keisarileikkauksen vauvoilla, jotka synnytetään vasta ennen 39 viikon raskautta.
Toinen keisarileikkauksen vauvojen ongelma on ennenaikainen synnytys. Raskaana olevan naisen eräpäivä on arvio, eikä sitä voida määrittää tarkasti. Ennenaikaisesti synnytetyillä vauvoilla on korkeampi astma ja muut hengitysvaikeudet kuin emättimellä syntyneillä vauvoilla.
Jotkut naiset haluavat olla valinnaisia C-osioita turhamaisuussyistä peläten, että heidän emätinsä venytetään, jos heillä on normaali, emättimen synnytys. Keisarileikkauksen vauvat voidaan leikata veitsellä C-leikkauksen aikana. Kun raskaana oleva nainen ja sikiö ovat terveitä, emätin synnytys on aina parempi kuin keisarileikkaus ja voi antaa vauvalle terveemmän alun elämään.