Rokotuksiin liittyy tiettyjä tunnettuja riskejä. Niihin liittyy kuitenkin usein riskejä, joita ei ole osoitettu, kuten mahdollinen yhteys autismin ja rokotusten välillä. Monet ihmiset päättävät olla rokottamatta lapsiaan, koska he uskovat aiheuttavansa lapsilleen enemmän riskejä kuin sairaudet. Tämä ei ole syntynyt tilastollisista todisteista, eikä se ole maailman tunnetuimpien lääketieteellisten järjestöjen, kuten American Medical Associationin (AMA) tai Maailman terveysjärjestön (WHO), asema.
Rokotusten tunnistettavat riskit ovat rokotuksen komplikaatioita, allerginen reaktio rokotukselle tai altistuminen timerosaalille, joka sisältää elohopeaa. Riskeihin, jotka eivät liity rokotuksiin, kuuluvat lisääntynyt autismin määrä tai heikentynyt immuunijärjestelmän kapasiteetti.
Yleisimmät rokotuksiin liittyvät reaktiot ovat kuume, arkuus laukauksen näkyessä ja toisinaan ihottuma. Useimmiten kuume on yksi tuhkarokko/sikotauti/vihurirokko (MMR) -rokotteeseen ja kurkkumätä/jäykkäkouristus/hinkuyskä (DTP) -rokotteeseen liittyvistä riskeistä.
Elävän poliorokotteen arveltiin mahdollisesti aiheuttavan polioa joillakin lapsilla, ja pienten lasten hoidosta kärsivillä, joilla oli immunosuppressio, oli pieni riski saada tauti lasten ulosteesta tai kehon nesteistä. Nyt lapsille annetaan yleensä ensin kuollut poliorokote ennen kuin he antavat eläviä poliorokotepisaroita taudin tartuntariskien minimoimiseksi.
Vesirokkorokotus on myös yhdistetty satunnaiseen vesirokko -tapaukseen tai siihen, että se ei tarjoa täydellistä immuniteettia vesirokkoa vastaan. Voidaan kuitenkin todeta, että riski saada vesirokko rokotteesta on vähäinen. Jos lapsi saa vesirokkoa rokotteesta, se on yleensä melko lievä versio. Lisäksi lapsilla, joilla ei ole täydellistä immuniteettia, on usein hyvin lievä versio vesirokosta, jos he saavat sen myöhemmin.
Suurimmat riskit, joita liittyy aivokalvontulehdukseen, jota nyt suositellaan 11- tai 12 -vuotiaille lapsille, ovat rokotteen aiheuttama kipu ja kipu rokotteen kohdalla useiden päivien tai viikkojen jälkeen. Tämä on paljon suurempi kuin riskit, jotka liittyvät aivokalvontulehdukseen, joka voi nopeasti aiheuttaa kuoleman.
Jotkut rokotukset voivat aiheuttaa komplikaatioita. Esimerkiksi influenssarokote voi, vaikkakin harvoin, aiheuttaa kasvojen halvaantumisen, jota kutsutaan Bellin halvaukseksi. Toiset ovat huolissaan influenssarokotteen antamisesta lapsille, koska monet versiot sisältävät timerosaalia. Itse asiassa huoli tästä elohopeaa sisältävästä aineesta, jota käytetään suojaamaan rokotteen eheyttä, on johtanut siihen, että useimmat lasten rokotteet valmistetaan ilman timerosaalia.
Nykyään on myös yrityksiä, jotka valmistavat influenssarokotetta ilman timerosaalia niille vanhemmille, jotka kokevat, että timerosaalialtistukseen liittyvät riskit ovat suuremmat kuin influenssalta suojautumisen hyödyt. Toistaiseksi yhteyttä timerosaalin ja autismin välillä ei ole osoitettu tai osoitettu. Itse asiassa monissa tapauksissa tilastolliset tutkimukset osoittavat, että autismi kehittyy silloin, kun timerosaalia sisältävää rokotetta ei ole annettu.
Rokotuksiin liittyvät vaarallisimmat riskit ovat harvinaisia allergisia reaktioita tai kouristuksia, jotka syntyvät rokotteen muodossa. Jos lapsellasi on aiemmin ollut haittavaikutus tiettyyn rokotukseen, on tärkeää ilmoittaa asiasta lääkärille ennen kuin lapsi saa muita rokotuksia. Edut ovat kuitenkin riskit suuremmat. Paljon useammat lapset kärsivät haittavaikutuksista sairastuaan tautiin, koska he eivät ole rokotettuja, kuin he saavat allergisen reaktion laukaukseen.