Ruskeaa sinappia on käytetty vuosisatojen ajan lääkkeenä hoitamaan sairauksia, jotka vaihtelevat yksinkertaisista hammassärkyistä vakaviin kouristuksiin pienillä lapsilla. Viittaukset sinappiin lääkkeenä tarkoittavat tyypillisesti ruskeaa sinappia. Tällainen lääke uutetaan tyypillisesti sen lehdistä ja siemenistä. Muinaisina aikoina kreikkalaiset arvostivat sinapin lääkinnällisiä ominaisuuksia niin korkealla, että he pitivät sitä lahjana ihmiskunnalle, jonka parannusjumala Asciepious loi.
Yleisin sinapin käyttö lääkkeenä on ulkoinen linimentti, haude tai kipsi. Sinappiöljy ärsyttää lievästi ihoa ja stimuloi verenkiertoa, mikä lievittää lihaskipuja. Sinappihauteiden on katsottu helpottavan tiettyjä keuhkoputkentulehduksia ja keuhkoputkentulehduksia.
Kun sinappiaineita nautitaan sisäisesti pieninä määrinä, niitä voidaan käyttää laksatiivina tai parantaa ruoansulatusta. Myös otettuna lievinä annoksina, uutteilla on taipumus lievittää vatsaa aiheuttaen hikoilua. Hikoilu auttaa joskus kuumetta, vilustumista ja influenssaa. Suurina määrinä nautitut siemenet voivat aiheuttaa oksentelua. Tl siementen juominen lasilliseen vettä aiheuttaa yleensä oksentelua 10 minuutin kuluessa. Tätä hoitoa käytetään siksi joskus alkoholin tai huumeiden yliannostuksen hätähoidossa.
Intiassa sinappia keitetään teessä lihasten ja luuston kipujen lievittämiseksi sekä kuumeiden ja vilustumisen hoitoon. Kiinalaiset käyttävät edelleen lääketieteellistä sinappia reuman ja lumbagon aiheuttamien haavaumien, paiseiden ja kivun hoitoon. He pitävät lehtiä erityisen hyödyllisinä virtsarakon tulehduksen hoidossa.
Sinapin muita lääkinnällisiä käyttötarkoituksia ovat käärmeen puremista ja skorpionin pistoista peräisin oleva myrkky, mustelmien tai jäykän kaulan kivun lievittäminen ja koliikin ja hengitysongelmien lievittäminen. Sinapinsiemenkuorien öljyn sanotaan edistävän hiusten kasvua. Sitä on myös mainittu aineena, joka auttaa parantamaan silsaa.
Ruskeaa sinappia käytetään joskus myös ravintolisänä raudan, sinkin, kromin ja seleenin lisäämiseen. Sen öljyä käytetään usein hierontahoidossa. Kaikki ruskean sinapin käyttötavat eivät ole hyödyllisiä. Ruskea sinappi sisältää erittäin hajuista ja ärsyttävää kemikaalia, allyyli -isotiosyanaattia. Tätä yhdistettä on käytetty sinappikaasun tuottamiseen kemiallisena aseena sodan aikana.
Ruskean sinapin siemenet ja lehdet sisältävät useita monimutkaisia kemikaaleja. Niitä ovat entsyymit, glukosinaatit, rikki, proteiini ja lima. Näiden kemikaalien toiminnan vuoksi jotkut kirurgit käyttivät aiemmin ruskeaa sinappitahnaa desinfioimaan kätensä ennen potilaiden leikkaamista.