San Juan Capistranon pääskyset ovat kuuluisa lintuparvi, joka on ollut yhteydessä San Juan Capistranon tehtävään vuosisatojen ajan. Vaeltavat linnut saapuvat ja lähtevät suunnilleen samaan aikaan joka vuosi noudattaen säännöllistä aikataulua, jonka operaation ympärillä oleva yhteisö on jo pitkään huomannut. Kun pääskyset saapuvat ja lähtevät, järjestetään suuri festivaali, jossa juhlitaan San Juan Capistranon pääskysiä ja Missionin perintöä, joka on yksi Kalifornian vanhimmista ja tunnetuimmista.
Mission San Juan Capistrano on yksi varhaisimmista Kalifornian lähetystöistä, jonka vuonna 1776 perustivat fransiskaanikatoliset. Junipero Serra itse johti jumalanpalveluksia siellä rakenteessa, joka tunnetaan nyt nimellä “Serran kirkko”, ja lähetyskompleksiin kuului erottuva ristinmuotoinen kivikirkko, joka tunnetaan nimellä Suuri kivikirkko, joka vaurioitui vakavasti vuoden 1812 maanjäristyksessä. Noin maanjäristyksen aikaan kirkon raunioissa alkoi pesäillä suuri määrä pääskysiä, ja niistä tuli pian kiinnostava ja kommentoitava aihe.
On todennäköistä, että pääskyset olivat matkustaneet alueelle ja sieltä kauan ennen kuin ihmiset asuttivat sen, koska alue on varsin suotuisa nielemisille. Ihmiset epäilemättä näkivät pääskyset asettaessaan alueen ja pitivät niitä merkityksettöminä, mutta heidän päätöksensä asuttaa osa lähetystyöstä herätti varmasti huomiota, ja pian heistä tuli tunnettuja San Juan Capistranon pääskysiä.
San Juan Capistranon pääskysien mytologian mukaan linnut turvautuivat ensin lähetystyöhön, kun majatalon omistaja tuhosi pesänsä. Koska kirkkoja on pitkään pidetty pyhäkköinä, ihmiset ovat saattaneet ajatella, että heidän uusi pesimäpaikkansa oli sopiva valinta. Pääskyset sattuvat myös lähtemään joka vuosi noin 23. lokakuuta, joka on San Juanin päivä, ja tämä satunnainen ajoitus todettiin epäilemättä. Pääskyset palaavat vuosittain noin 19. maaliskuuta, Pyhän Joosefin päivänä.
Pääskyset ovat niin kuuluisia, että Leon Rene kirjoitti heistä kappaleen nimeltä “Kun pääskyset tulevat takaisin Capistranoon”, ja kappaleen on peittänyt lukuisat muusikot ja bändit. San Juan Capistranon pääskysien vuosittaiset festivaalit ovat tunnettuja Etelä -Kaliforniassa, ja ne houkuttelevat paljon kävijöitä alueen ulkopuolelta. Pääskyset itse ovat valitettavasti vaarassa elintarvikkeiden tarjonnan vähenemisen vuoksi, koska Etelä -Kalifornia on vakiintunut voimakkaasti. San Juan Capistranon yhteisö on julistanut itsensä lintujen suojelualueeksi, kieltäen nielemispesien tuhoamisen ja kannustamalla asukkaita huolehtimaan alueen kuuluisista linnuista.