Seksiin ilman kondomia liittyy kaksi pääasiallista riskiä. Kun seksi on miehen ja naisen välistä, raskaus on erittäin todellinen mahdollisuus. Seksin harrastaminen ilman kondomia lisää kaikissa tapauksissa riskiä saada sukupuolitauti (STD). Kondomit eivät tarjoa täydellistä suojaa sukupuolitaudeilta, mutta niiden tarjoama suoja vaihtelee hyvästä erinomaiseen riippuen kyseessä olevasta sairaudesta. Riski saada sukupuolitauti on aina suurempi, kun harrastat seksiä ilman kondomia.
Kondomi on ennen kaikkea ehkäisymenetelmä, ja seksi ilman kondomia tai muuta ehkäisymenetelmää voi usein johtaa raskauteen. Kun lateksikondomeja käytetään oikein ja johdonmukaisesti, ne estävät erittäin hyvin hedelmöitystä. Tyypillisellä terveellä pariskunnalla, joka harjoittaa seksisuhteita kohtuullisen säännöllisesti, on keskimäärin 20% mahdollisuus tulla raskaaksi joka kuukausi, mikä johtaa lähes 100%: n todennäköisyyteen tulla raskaaksi koko vuoden aikana. Kun pari käyttää kondomia oikein ja johdonmukaisesti, hedelmöittymisen mahdollisuus on 2–3%, mikä on erittäin merkittävä lasku.
Toinen suuri sukupuolen riski ilman kondomia on sukupuolitautitartunnan mahdollisuus. Yli kymmenkunta erilaista infektiota voi tarttua seksuaalisen kontaktin kautta. Kondomin käyttö auttaa kaikenlaisten sukupuolitautien ehkäisyssä, mutta ehkäisee tehokkaimmin HIV: n/aidsin leviämistä. HIV on erittäin hauras virus ja leviää normaalisti vain, kun virusta sisältävä kehon neste pääsee uuteen isäntään, yleensä ihon taukojen tai limakalvojen kautta. Oikea kondomin käyttö on erittäin tehokas estämään tämän tyyppisiä tartuntoja.
Muut sukupuolitaudit ovat vahvempia kuin HIV/AIDS ja kykenevät tartuttamaan uudet isännät helpommin. Herpes simplex -virus voi tartuttaa uuden isännän yksinkertaisesti ihokosketuksen kautta, samoin kuin sukupuolielinten syyliä aiheuttava virus. Seksi ilman kondomia lisää todennäköisyyttä, että tällaiset infektiot tarttuvat, koska enemmän ihoa altistuu, mikä lisää tartunnan todennäköisyyttä. Kondomin käyttö ei kuitenkaan ole täysin tehokas estämään tällaisen sukupuolitaudin leviämistä.
Miesten kondomit ehkäisevät yleensä tehokkaammin sukupuolitautien leviämistä, koska ne tarjoavat paremman esteen kehon nesteiden siirtymistä ja infektioita vastaan kuin naisten kondomit. Naisten kondomit ovat kuitenkin erittäin tehokkaita raskauden ehkäisyssä. Molemmat kondomityypit voivat rikkoutua, useimmiten väärin käytettynä, mutta tämä riski on pieni ja seksiin ilman kondomia liittyvät riskit ovat paljon suurempia ja vakavampia.