Hoito sukupuolielinten syyliä raskauden aikana on usein hieman erilainen kuin ei-raskaana olevan henkilön hoidot. Jotkut lääkkeet eivät ehkä ole turvallisia käyttää emättimessä tai sen sisällä, kun nainen on raskaana. Sen sijaan lääkärit voivat suositella sellaisia hoitoja kuin sukupuolielinten syyliä, joita kutsutaan kryoterapiaksi, jäädyttämistä tai laserpoistoa. Lääkärit voivat myös suositella hoitoa paikallisella lääkkeellä, jota kutsutaan trikloorietikkahapoksi (TCA). Monet muut yleisesti käytetyt ajankohtaiset hoidot eivät ole sallittuja, koska ne voivat vahingoittaa naisen syntymätöntä lasta.
Yksi yleisimmin käytetyistä menetelmistä sukupuolielinten syyliä hoidettaessa raskauden aikana on kryoterapia. Tämä hoito sisältää nestemäisen typen levittämisen sukupuolielinten syyliä. Sukupuolielinten syyliä jäädytetään ja annetaan sitten vähitellen sulaa. Hoidon jälkeen sukupuolielinten syyliä muodostava kudos kuolee ja putoaa vähitellen. Monissa tapauksissa yksi kryoterapiahoito ei kuitenkaan riitä eroon sukupuolielinten syyliä; toistuvat hoidot ovat usein tarpeen.
Laserpoisto on myös yleisimpiä hoitoja sukupuolielinten syyliä raskauden aikana. Tätä hoitoa varten voimakas valo keskittyy syyliin. Tämä tuhoaa syyläkudoksen vahingoittamatta kehittyvää vauvaa. Useimmissa tapauksissa sukupuolielinten syylien laserpoisto voidaan tehdä vahingoittamatta ympäröiviä kehon kudoksia ja voi aiheuttaa vähemmän kipua kuin kryoterapia. Se voi kuitenkin osoittautua kalliimmaksi vaihtoehdoksi, ja on mahdollista, että syyläkudos saattaa lopulta palata.
TCA on ajankohtainen hoito, jota käytetään myös sukupuolielinten syyliä raskauden aikana. Monia muita ajankohtaisia hoitoja ei käytetä raskauden aikana, koska ne voivat olla vaarallisia syntymättömälle lapselle. Valitettavasti jotkut ajankohtaiset lääkkeet voivat imeytyä ihon läpi ja aiheuttaa synnynnäisiä vikoja.
Sukupuolielinten syyliä hoidettaessa ei kuitenkaan päästä eroon niitä aiheuttavasta viruksesta. Tämä tarkoittaa, että hoitojen tarkoituksena on poistaa syyläkudos, ei parantaa potilaan sukupuolielinten syyliä. Virus voi lopulta aiheuttaa uusia syyliä ja se voidaan siirtää toiselle henkilölle.
Jotkut naiset voivat halutessaan odottaa synnytystä sen sijaan, että valitsisivat sukupuolielinten syyliä raskauden aikana. Joissakin tapauksissa tämä voi toimia hyvin. Toisissa kuitenkin sukupuolielinten syyliä voi tulla riittävän suuria estämään vauvan liikkumista synnytyskanavan läpi tai ne voivat aiheuttaa liiallista verenvuotoa. Tällaisessa tapauksessa lääkäri voi suositella keisarileikkausta.