Teepuuöljy voi olla myrkyllistä kissoille, varsinkin jos öljyä levitetään ensin laimentamatta tai jos annos on liian suuri. Monet eläinlääkärit ja muut lemmikkieläinten hoidon asiantuntijat suosittelevat, ettei teepuuöljyä käytetä kissoille, vaikka sitä on pidetty turvallisena ja tehokkaana lääkkeenä joihinkin kissan valituksiin. Teepuuöljy on yksi monista eteerisistä öljyistä, kuten piparminttuöljy, jota pidetään myrkyllisenä näille eläimille. Kissojen kirppushampoot sisältävät usein pieniä annoksia teepuuöljyä, mutta monet eläinlääkärit suosittelevat, että nämä shampoot tulee ostaa hyvämaineisilta valmistajilta ja niiden pakkauksissa on oltava selvästi määritellyt annostustiedot. Kissat voivat helposti imeä teepuuöljyä ihon läpi, ja ne voidaan myrkyttää myös hengittämällä sen höyryjä tai nielemällä öljyä.
Pienet annokset teepuuöljyä, joita käytetään erittäin huolellisesti, eivät saa aiheuttaa välitöntä tai pitkäaikaista vahinkoa kissan terveydelle. Keskimääräiselle kissalle tappava annos olisi noin 1.5 teelusikallista (7.4 millilitraa) ja 3 teelusikallista (14.8 millilitraa). Turvallinen annos olisi noin viisi tippaa (0.4 millilitraa) sekoitettuna 1 tl (4.8 millilitraa) kasvi- tai oliiviöljyä. Seos tulee tyypillisesti levittää kissan iholle välttäen silmiä, nenää ja suuta.
Kissoja pidetään yleensä alttiina eteeristen öljyjen myrkyllisyydelle, koska niiden maksat eivät yleensä pysty metaboloimaan näissä öljyissä olevia yhdisteitä. Jotkut uskovat, että teepuuöljymyrkytys voi tapahtua, vaikka pieniä annoksia levitetään iholle, koska öljyssä olevat myrkylliset yhdisteet voivat kerääntyä maksaan ajan myötä. Joitakin näistä yhdisteistä ovat kamfeeni, linalooli, alfa-terpinene ja terpinoleeni. Suuret määrät näitä kemikaaleja voivat aiheuttaa maksavaurioita ja jopa kuoleman kissoille, ja tämän tyyppiselle myrkytykselle voidaan tehdä vain vähän.
Kissoille tarkoitettujen teepuuöljytuotteiden valmistajat varoittavat tyypillisesti, että eteeristen öljyjen annokset tulee pitää hyvin pieninä ongelmien välttämiseksi. Eläinlääkärit ja valmistajat yleensä varoittavat yleensä puhtaan teepuuöljyn levittämisestä kissan iholle, koska se yleensä imeytyy helposti. Asiantuntijat neuvovat myös antamasta kissalle teepuuöljyä suun kautta. Jotkut asiantuntijat ovat huolissaan myös teepuuöljyn hengittämisen haitallisista vaikutuksista ja varoittavat, että kissoja ei yleensä saa koskaan altistaa puhtaalle öljylle.