Kuppikakut voivat olla pieniä, yhden annoksen jälkiruokia, mutta monet niistä sisältävät satoja kaloreita ja lähes kolmanneksen rasvan kokonaismäärästä, jonka ihmisen pitäisi kuluttaa tiettynä päivänä. Vaikka perinteiset cupcakes ovat usein erittäin epäterveellisiä, voidaan valmistaa paljon erilaisia terveellisiä cupcakeja. Suurimmaksi osaksi mitä tahansa cupcake -reseptiä voidaan muuttaa terveellisten cupcakes -tuotteiden valmistamiseksi korvaamalla muutamia keskeisiä ainesosia, erityisesti sokeria, voita ja puhdistettua valkoista jauhoa. Vaikka nämä korvaukset antavat cupcakeille paremman ravintoarvon ja vähemmän tyhjiä kaloreita, näitä jälkiruokia tulisi silti nauttia kohtuudella.
Jotkut terveet cupcakes poistavat osan tai kaikki reseptissä olevan voin poistamaan monet kaloreista. Omenakastike on yleinen voin korvike, koska se antaa cupcakesille lisää makeutta ja kosteutta. Rasvatonta tai vähärasvaista jogurttia voidaan käyttää myös voin sijaan, jotta cupcakesista tulee tahmeampia ja tasaisempia.
Muunlaiset terveet cupcakes voivat käyttää täysjyväjauhoja puhdistetun valkoisen jauhon sijasta. Tämäntyyppinen jauho, jota käytetään yleisesti leivonnaisissa, on menettänyt monia ravinteitaan, joten se sisältää suuren määrän kaloreita verrattuna sen sisältämiin vitamiineihin, kivennäisaineisiin ja makroravinteisiin. Koko vehnäjauhoa voidaan käyttää valkoisen jauhon sijasta, mutta on myös mahdollista käyttää jauhoja, jotka on valmistettu muista jyvistä, kuten quinoa, amarantti tai teff. Näiden jauhojen maulla on merkittävä vaikutus kuppikakkujen makuun, ja muiden jauhojen maku on usein hankittava ennen kuin ihmiset nauttivat tämän tyyppisistä terveellisistä kakkuista.
Tuoreiden hedelmien ja vihannesten lisääminen cupcake -taikinaan voi myös tehdä näistä jälkiruokista terveellisempiä. Kesäkurpitsa, porkkana, kurpitsa, omenat, marjat ja punajuuret voidaan sekoittaa kuppikakkuihin, jotta nämä jälkiruoat saavat enemmän makua ja enemmän ravintoaineita. Suurin osa näistä ainesosista on murskattava, jotta ne kypsyvät terveiden kuppikakkujen jauhoiksi eivätkä muodosta pureskeltavia vihannestaskuja.
Monet cupcakes valmistetaan kuorrutuksen päälle tai täytteen keskellä. Suurimmaksi osaksi nämä täytteet on valmistettu paljon sokeria ja voita, jotka antavat paljon kaloreita ilman lisäravinteita. Terveissä kuppikakkuissa kuorrutus voidaan valmistaa vähärasvaisella kermajuustolla tai vaahtokarkkeilla voin ja sokerin sijaan. Tuoreiden hedelmien kompottia voidaan käyttää perinteisesti erittäin rasvaisten täytteiden sijaan.