Vaikka se on suhteellisen harvinaista, jotkut ihmiset ovat allergisia tomaateille ja voivat kokea useita epämiellyttäviä oireita syöessään niitä, varsinkin jos ne ovat raakoja. Oireet ilmenevät yleensä aluksi suussa ja sen ympärillä, huulet, kieli ja kurkku kutisevat ensin ja sitten usein turpoavat. Jotkut ihmiset voivat myös kehittää nokkosihottumaa tai kutiavaa ihottumaa muilla ihon alueilla. Ruoansulatuskanavan oireet ovat myös yleisiä, kuten pahoinvointi, oksentelu ja ripuli. Vakavampi, systeeminen reaktio voi aiheuttaa hengitysvaikeuksia, pyörtymistä ja jopa anafylaktisen sokin tai kuoleman.
Ensimmäinen paikka, jossa tomaattiallergian oireet usein ilmenevät, on alue, joka paljastui ensimmäisen kerran: suu. Usein allerginen henkilö alkaa tuntea kutinaa huulillaan ja niiden ympärillä, kielellä ja jopa kurkussa pian syömisen jälkeen. Tätä seuraa usein turvotus samoilla alueilla. Kurkun turvotus voi olla erityisen ongelmallista, koska se voi vaikeuttaa hengitystä.
Tomaatti -allergia voi myös aiheuttaa reaktion muualla kehossa. Jotkut ihmiset kehittävät kutiavaa nokkosihottumaa, joka voi ilmaantua osalle tai koko iholle. He voivat myös saada ihottumaa, joka voi olla jatkuvaa, jos he eivät ota tomaatteja pois ruokavaliostaan.
Allergiahyökkäyksen aikana keho voi yrittää päästä eroon allergeenista ruoansulatuskanavan reaktiolla. Allerginen henkilö voi tuntea pahoinvointia ja alkaa oksentaa saadakseen tomaatin ulos. Hänellä voi myös olla ripulia osana kehon reaktiota.
Joissakin tapauksissa allergia tomaateille voi olla vakava ja johtaa vakaviin oireisiin. On myös melko yleistä, että allerginen reaktio alkaa melko lievästi ja pahenee asteittain jokaisen seuraavan jakson aikana. Ne, joilla on vakava tomaatti -allergia, voivat hengittää ja saada hengitysvaikeuksia. Tämä voi johtaa verenpaineen laskuun, mikä voi aiheuttaa henkilön huimausta ja pyörtymistä. Jos hän ei hakeudu lääkäriin nopeasti, reaktio voi lopulta johtaa anafylaktiseen sokkiin, sydämen tai hengitysvajaukseen ja jopa kuolemaan.
Ihmiset, joilla on tomaatti -allergia, saattavat myös haluta olla varovaisia syöessään saman perheen kasveja. Kaksi läheisesti liittyvää ruokaa, jotka yleensä aiheuttavat oireita tomaattiallergikoille, ovat perunat ja munakoiso. Tupakka liittyy myös läheisesti tomaattiin, joten tupakointi voi myös joskus aiheuttaa allergisen reaktion.