Tutkimuspaperin neljä pääosaa ovat johdanto, runko, johtopäätös ja viitesivu. Nämä osat voidaan jakaa edelleen pienempiin osiin kirjoitettavan tutkimuspaperin tyypistä riippuen. Jotkut paperit vaativat esimerkiksi tiivistelmän, kokeilumenetelmiä ja tuloksia. Paras tutkimuspaperi on perusteellinen ja tarjoaa lukijalle mahdollisimman paljon tietoa tietystä aiheesta.
Johdanto on ensimmäinen kappale ja se voi olla paperin tärkein osa. Siinä pitäisi mainita pääkohta tai kysymys, jota tutkitaan. Sen pitäisi sisältää myös se, mitä kirjoittaja tai tutkija odotti löytävänsä tutkimuksen aikana, jota kutsutaan hypoteesiksi.
Tutkimuspaperin runko sisältää suurimman osan tiedosta. Keho voidaan jakaa kolmeen osaan, mukaan lukien kokeelliset menetelmät, tulokset ja keskustelu. Kokeelliset menetelmät ovat vaiheita, jotka tutkija otti vastatakseen ehdotettuun tutkimuskysymykseen. Tulokset ovat kokeilun aikana tapahtuneet toimet ja reaktiot tai vastaus kysymykseen. Keskusteluosassa tutkija kirjoittaa kokeellisista havainnoista ja miten nämä havainnot liittyvät alkuperäiseen hypoteesiin.
Johtopäätös on viimeinen osa, ja sen pitäisi yhdistää kaikki tutkimuspaperin osat yhteen. Sen pitäisi selittää, miksi tehty tutkimus oli tärkeä ja miten se liittyy muuhun jo julkaistuun tutkimukseen. Johtopäätös on yleensä vain yksi tai kaksi kappaletta lyhyessä tutkimuspaperissa.
Viitesivulla tulisi luetella kaikki kirjat, lehdet, verkkosivustot ja muut julkaisut, joita käytettiin paperin kirjoittamiseen. Viitesivua voidaan kutsua myös bibliografiaksi. Useimmat noudattavat erityisiä ohjeita sen mukaan, millaista paperia kirjoitetaan.
Jotkut tutkimukset vaativat tiivistelmän. Se on lyhyt kappale, joka selittää koko tutkimuksen. Tiivistelmää käytetään usein antamaan lukijalle yleiskatsaus tutkittuun kysymykseen ja sitten lyhyt yhteenveto kokeilumenetelmistä ja tuloksista. Usein tiivistelmät vaativat tietyn sanamäärän. Vaikka tiivistelmä sijoitetaan tutkimuspaperin alkuun, kirjoittaminen voi olla helpompaa, kun koko paperi on valmis.
On tärkeää, että kirjoittaja tietää haluamansa tyylin ennen paperin kirjoittamista. Joitakin suosittuja kirjoitustyylejä ovat Modern Language Association (MLA), American Psychological Association (APA) tai Chicagon kirjoitustyyli. Jokaisella on omat ohjeet ja muotoilusäännöt.