Uhanalaiset kilpikonnat voidaan jakaa kahteen pääryhmään. Merikilpikonnat kohtaavat vakavia uhkia valtamerissämme ja maalla pesimäpaikkojen tuhoutumisen ja kaupallisen kalastuksen vuoksi. Makean veden kilpikonnat, erityisesti Aasiassa, ovat myös vaarassa kuolla sukupuuttoon elinympäristön menetyksen ja laittoman kaupan vuoksi. Useat virastot ja järjestöt ympäri maailmaa pyrkivät parantamaan näiden lajien selviytymismahdollisuuksia.
Kuusi seitsemästä merikilpikonnalajista on listattu uhanalaisiksi tai uhanalaisiksi uhanalaisten lakilain (ESA) nojalla. Näitä lajeja ovat tynkäkilpikonnat, vihreät kilpikonnat, Kempin ridley -kilpikonnat, nahkaiset kilpikonnat, haukka -kilpikonnat ja oliivi -ridley -kilpikonnat. Vaikka nämä uhanalaiset kilpikonnat elävät meressä, ne parittelevat ja munivat munansa maalle. Paikat, joita he usein käyttävät tähän tarkoitukseen, on tuhoutunut elinympäristöissä, mikä on vaikeuttanut kilpikonnien löytää sopivia vaihtoehtoja, joissa niiden munat voivat turvallisesti kuoriutua. Muita merikilpikonnien väestön vähenemisen syitä ovat veneiden törmääminen, kaupallisen kalastuksen saaminen ja roskien vangitseminen.
Koska nämä merikilpikonnat elävät Yhdysvaltain vesillä, National Marine Fisheries Service (NMFS) ja Yhdysvaltain Fish and Wildlife Service (FWS) osallistuvat aktiivisesti näiden lajien suojeluun. NMFS hoitaa suojelutoimia, joiden tarkoituksena on vähentää vesikulkuneuvojen saamien ja kalastuksen saamien kilpikonnien määrää. FWS tarjoaa suojaa ja toipumista näiden uhanalaisten kilpikonnien pesimäpaikoille. ESA antaa näille lajeille lisää oikeudellista suojaa.
Makean veden kilpikonnalajit kaikkialla maailmassa ovat kärsineet elinympäristöjen tuhoutumisesta ja muista väestön vähenemisen syistä. Tämä ongelma on suuri huolenaihe makean veden kilpikonnien jatkuvasta olemassaolosta Aasiassa. Kaikkia tällä alueella esiintyviä lajeja pidetään uhanalaisina tai uhanalaisina. Näitä lajeja ovat muun muassa musta lampi kilpikonna, nelisilmäinen kilpikonna, malesialainen jättiläinen kilpikonna, keltaisella reunuksella varustettu laatikkokilpikonna ja kuorittu kilpikonna.
Suurimmat uhat näille uhanalaisille kilpikonnille ovat laiton villieläinten kauppa, elinympäristön huonontuminen ja metsästys. Makean veden kilpikonnia pyydetään ja myydään usein lihan, lääkkeiden ja lemmikkieläinten markkinoilla, vaikka on olemassa lakeja, jotka kieltävät tämän toiminnan. Etelä -Aasian metsästäjät saavat heidät myös ruokkimaan paikallista populaatiotaan. Monet makeanveden kilpikonnien asuttamat alueet ovat tuhoutuneet metsäpaloissa tai muuttuneet viljelysmaiksi.
Organisaatiot, kuten World Wildlife Fund, Kansainvälinen luonnonsuojeluliitto ja Turtle Survival Alliance, pyrkivät varmistamaan, että makean veden kilpikonnia laittomalta kaupalta suojaavia lakeja valvotaan tiukemmin. Muita suojelutoimenpiteitä ovat turvallisten elinympäristöjen löytäminen tai luominen. Nämä järjestöt palvelevat myös lisäämään ihmisten tietoisuutta näihin lajeihin kohdistuvista uhista.