Kilpikonnia, liskoja, krokotiileja ja käärmeitä pidetään matelijoina. Näiden lajien matelijat löytyvät uhanalaisten matelijoiden luettelosta, mikä tarkoittaa, että on olemassa suuri mahdollisuus sen sukupuuttoon. Erilaisia sukupuuttoon johtavia tekijöitä ovat ilmastonmuutos, saalistajien ja saaliin välisen suhteen muutos, elinympäristön menetys ja ihmisen toiminta. Elinympäristön menetys on yleisin syy lajin uhanalaisuuteen.
Useat merikilpikonnat ovat uhanalaisia matelijoita. Näitä ovat tyhmyri, nahkapää, haukka ja vihreä merikilpikonna. Useat tekijät ovat aiheuttaneet merikilpikonnien uhan.
Merikilpikonnat voivat painaa jopa 300 kiloa (136.08 kg). He munivat munansa maahan, jossa naaraat ovat alttiita saalistajille, koska niiden suuri paino saa heidät liikkumaan hitaasti, kun ne poistuvat vesiympäristöstään. Ihmissalametsästäjät ovat toinen uhka naaraskilpikonnalle maalla.
Jotkut kulttuurit pitävät kilpikonnan munia herkuna. Kilpikonnakeitto on myös suosittu joissain paikoissa, joten elävien merikilpikonnien osat poistetaan kilpikonnakeiton valmistamiseksi. Ihmisasutukset ja virkistystoiminta ovat pienentäneet naisille sopivaa aluetta munia varten, mikä joskus saa naisen joko munimaan munansa pesimättömässä ympäristössä tai keskeyttämään kokonaan.
Komodon lohikäärme on maailman suurin lisko ja pystyy saavuttamaan 12 metrin pituuden. Sen ensisijainen vaaran aiheuttaja on elinympäristön menettäminen ihmisen kehityksen vuoksi. Laiton metsästys on entisestään tuhonnut näiden uhanalaisten matelijoiden määrän.
Siamilainen krokotiili on uhanalaisten matelijoiden luettelossa. Elinympäristön menetys on vaikuttanut krokotiilin määrän vähenemiseen. Viljelijät Kambodžassa ja Thaimaassa ovat tyhjentäneet suuren osan krokotiilin soisesta maastosta kasvattaakseen viljelymaan määrää. Krokotiilin iho on arvokas, joten ihmisten salametsästäjät ovat auttaneet vähentämään krokotiilien määrää entisestään. Uskotaan, että ilmaston lämpeneminen on vaikuttanut myös monien siamilaisten krokotiilien kuolemaan.
Uhanalaisia matelijoita ovat San Franciscon sukkanauhakäärme ja itäinen indigo. Lisääntynyt kehitys on vähentänyt San Franciscon sukkanauhakäärmeen elinympäristöä, ja saastuminen on auttanut vähentämään sen määrää. Suurten maa -alueiden kehittäminen Yhdysvaltojen eteläosassa on ensisijainen syy itäisen indigon uhanalaisten matelijoiden luetteloon.