Uhanalaisten lajien luettelossa on monia erityyppisiä merieläimiä monista eri syistä. Usein ihmisen vaikutus, kuten veneilyonnettomuudet, kalastus, rannikkoalueiden kehitys ja saastuminen, johtuu näiden merieläinten suuresta kuolleisuudesta. Joskus lukujen vähenemisen syitä ei tunneta. Merinisäkkäiden, kuten oikeiden valaiden, manaattien ja dugongien, määrä on vähentynyt huomattavasti yhdessä kilpikonnien, joidenkin merilintujen, haiden ja lohien kanssa.
Monet merieläinten kuolemat johtuvat ihmisten vaikutuksesta. Ihmisen riski ei aiheudu pelkästään kalastuksesta, metsästyksestä ja valaanpyynnistä vaan myös veneonnettomuuksista. Tämä on erityisen yleistä matalia uima -eläimiä, jotka hengittävät ilmaa, kuten erityyppisiä merinisäkkäitä ja kilpikonnia. Saastuminen voi myös lisätä uhanalaisten merieläinten luetteloa.
Monet merikilpikonnat ovat uhanalaisia. Tämä ilmiö johtuu usein eläinten munien vaarasta. Kilpikonnamunia munitaan maahan, joka usein tuhoutuu kaupunkien kehityksen lähellä rantoja. Rannikkoalueet ja matkailualueet ovat yleensä uhka monille merieläimille.
Valaat ovat tunnetuimmin uhanalaisia merieläimiä. Erityisesti oikeiden valaiden ja jousivalaiden määrä on vähentynyt dramaattisesti ja ne ovat joutuneet kriittiseen vaaraan. Pohjois -Atlantin oikeiden valaiden määrä on vähentynyt dramaattisesti tuntemattomista syistä, mutta epäillään, että valaanpyynti ei ole aiheuttanut tätä yksin. Tämä voi johtua veneen törmäyksistä, saastumisesta tai eläinten lisääntymisongelmista.
Syyt manaattien ja dugongien määrän vähenemiseen uskotaan johtuvan suuresta määrästä kuolemaan johtaneita venetörmäyksiä. Näiden eläinten harmahtavan värin vuoksi veneillä olevilla ihmisillä on vaikeuksia nähdä niitä. Lisäksi manaatit ja dugongit liikkuvat hyvin hitaasti, ja niillä voi olla vaikeuksia paeta nopeasti liikkuvaa venettä. Tällaisten eläinten keskuudessa on raportoitu paljon synnytystä edeltäneitä kuolemia biologien tuntemattomista syistä.
Erilaiset merilinnut ovat uhanalaisia, mukaan lukien ruskea pelikaani. Tämä lintu, joka oli yleisesti löydetty Pohjois-, Keski- ja Etelä -Amerikasta, on kuollut paljon kuolemia, koska munat on murskattu inkubaation aikana. Näiden lintujen munankuorten uskotaan olleen vaarallisen ohuita diklooridifenyylitricloorietaanin (DDT) käytön vuoksi. 20 -luvun lopulta lähtien monet DDT -muodot on kielletty Yhdysvalloissa.
Pingviinit ovat päässeet myös uhanalaisten merieläinten luetteloon. Liikakalastuksen seurauksena Chilestä ja Perusta löydetyn Humboldt -pingviinin elintarvikkeiden tarjonta on vähentynyt huomattavasti. Monet pingviinien kuolemista johtuvat myös kalastusverkkojen juuttumisesta.
Lohta pidetään usein makean veden kalana, mutta sitä pidetään myös uhanalaisten merieläinten luettelossa. Nämä kalat kutevat makeassa vedessä, mutta uivat sieltä, missä joet ja purot kohtaavat meren. Veden laadun heikkeneminen pilaantumisen seurauksena on vähentänyt lohen määrää. Myös vesihuoltolaitokset, kuten padot, ovat vaikuttaneet haitallisesti lohen kutuun.