Maailmassa on noin 330 erilaista papukaijalajia, ja niistä noin 95 on uhanalaisten papukaijojen luettelossa, vaikka tarkat tilastot vaihtelevat maittain. Jotkut, kuten useat erilaiset arat, ovat kriittisesti uhanalaisia, mikä tarkoittaa, että ne ovat sukupuuttoon. Toiset, kuten Kuuban papukaija, eivät ole vielä uhanalaisia, mutta jos niiden määrä vähenee edelleen, ne muuttuvat niin nopeasti.
Uhanalaisten papukaijojen kasvavan trendin takana on lukuisia syitä, kuten salametsästys, maan menetys ja sairaus. Salametsästys on yksi suurimmista huolenaiheista, koska vaikka monet maat ovat kieltäneet luonnossa pyydettyjen papukaijojen tuonnin, salametsästäjät jatkavat edelleen lintujen poistamista luonnollisesta elinympäristöstään ja myyvät niitä laittomasti. Maan menetys on toinen suuri huolenaihe, koska sademetsien ja viidakkojen kaataminen tai papukaijojen alueelle tunkeutuvien kaupunkien rakentaminen saa linnut menettämään kotinsa.
Useat erityyppiset arat-mukaan lukien sini-kurkku, glakuusi ja Learin ara-ovat kriittisesti uhanalaisia papukaijoja ja ovat sukupuuttoon partaalla luonnossa. Jotkut lintuasiantuntijat epäilevät, että Glaucous voi olla jo kuollut sukupuuttoon. Muut arat ovat uhattuina tai uhanalaisia, mutta eivät vielä kriittisesti. Kirkkaat arat ovat yleisimmin salametsästettyjä lintuja, mikä johtuu niiden vähenevästä määrästä. Ne ovat myös suurimpia papukaijoja ja kärsivät eniten elinympäristön pienenemisestä.
Afrikkalainen harmaa on myös yksi uhanalaisimmista papukaijoista, vaikka niiden määrä ei ole vielä saavuttanut kriittistä tasoa. Maran lisäksi afrikkalainen harmaa on yksi suosituimmista papukaijaeläimistä. Heidän suosionsa johtuu siitä, että he ovat yksi älykkäimmistä papukaijoista ja ihmispuheen parhaista jäljittelijöistä. Joidenkin afrikkalaisten harmaiden on tiedetty oppivan yli 900 sanaa sekä äänikehotteita siitä, milloin näitä sanoja tulee käyttää oikein.
Muita uhanalaisia papukaijoja ovat useita harvinaisia papukaijoja, Filippiinien kakadu ja lukuisia Etelä -Amerikan papukaijoja. Uhanalaisten papukaijojen todellista määrää on vaikea määrittää, koska resurssit eivät salli jokaisen linnun seurantaa. Jotkut uhanalaisten luettelossa olevat lajit voivat olla jo poissa, kun taas toiset saattavat lisätä lukumääräänsä suojelutoimien vuoksi.
Niiden, jotka haluavat ostaa lemmikkieläinten papukaijan, tulisi käydä hyvämaineisten kasvattajien kautta ja ostaa vankeudessa syntynyt lintu. Villistä pyydystetyistä papukaijoista tulee harvoin rakastavia lemmikkejä, joita ihmiset usein toivovat, kun he ostavat papukaijan. Villistä pyydystetyn papukaijan ostaminen ei ole vain laitonta monissa maissa; se kannustaa myös salametsästykseen, mikä rasittaa suuresti papukaijan kantaa luonnossa.