On olemassa useita etuja ja haittoja, jotka on otettava huomioon, ennen kuin päätetään vaihtoehtoisesta lukio -opetuksesta. Joustava opetussuunnitelma, pienempi luokkakoko, alhaisempi poissaoloprosentti ja alhainen stressiympäristö voivat tarjota ympäristön, joka edistää parempaa oppimista. Sopeutumisvaikeudet, sosiaalisen vuorovaikutuksen vähentyminen ja vaihtoehtoiseen koulutukseen liittyvät negatiiviset merkitykset voivat kuitenkin vaikuttaa siihen, miten oppilas pärjää luokkahuoneen ulkopuolella.
Vaihtoehtoiselle lukio -opetukselle on ominaista muutettu opetussuunnitelma, joka ei vastaa tavallisessa julkisessa lukiossa käytettyä opetussuunnitelmaa. Opetussuunnitelmaa voidaan normaalisti mukauttaa vastaamaan opiskelijan oppimisnopeutta, mikä on erityisen hyödyllistä lahjakkaille opiskelijoille ja niille, joilla on vaikeuksia oppia. Esimerkki tästä voi olla lahjakkaiden peruskoulu, joka on luotu kehittämään opiskelijoiden akateemisia ja taiteellisia kykyjä.
Vaihtoehtoisen lukion luokan koko on yleensä pienempi kuin keskikoulun. Tämä mahdollistaa pienemmän opettaja -oppilas -suhteen. Pienempi suhde helpottaa vuorovaikutusta opettajan ja opiskelijan välillä ja antaa opettajalle mahdollisuuden vastata usein opiskelijan kysymyksiin. Opiskelijat, joilla on vaikeuksia olla vuorovaikutuksessa suuren määrän ikätovereiden kanssa, voivat menestyä vaihtoehtoisessa koulussa. Lisäksi opettaja voi keskittyä enemmän joidenkin oppilaiden väärinkäytösten korjaamiseen, jotka yleensä jätetään huomiotta suuremmalla luokalla.
Opiskelijat voivat nauttia opiskelusta vaihtoehtoisessa lukiossa sen suhteellisen rennon ympäristön vuoksi. Suuren määrän opiskelijoiden puuttuminen ja tiukka opetussuunnitelma voivat johtaa alempaan stressitasoon, joka edistää oppimista. Vaihtoehtoinen lukio-opetus myös estää oppilaita “putoamasta halkeamien läpi” korostamalla enemmän oppilaan vahvuuksien kehittämistä sen sijaan, että ylläpidettäisiin tiettyä arvosanan keskiarvoa. Opiskelijat nauttivat opiskelusta ja poissaolot vähenevät.
Toisaalta siirtyminen perinteisestä ympäristöstä vaihtoehtoiseen kouluun voi järkyttää opiskelijaa, varsinkin jos siirtyminen tapahtuu myöhemmin lukiossa eikä alussa. Ryhmä, johon oppilas oli tottunut, on poissa, ja tämä voi aiheuttaa sopeutumisvaikeuksia. Tämä pätee myös silloin, kun oppilas siirtyy vaihtoehtoisesta lukiosta tavalliseen lukioon. Lisäksi luokan monimuotoisuuden puute vaihtoehtoisessa lukiossa voi myös vaikuttaa siihen, miten oppilas seurustelee tulevaisuudessa.
Toinen haittapuoli on leima, joka voi liittyä vaihtoehtoisen lukion opiskelijoihin. Vaihtoehtoista lukio-opetusta tarjotaan yleensä viimeisenä keinona “riskialttiille” opiskelijoille, joiden on vaikea toimia keskimääräisessä luokkaympäristössä. Lisäksi vaihtoehtoisesta lukiosta valmistuneella opiskelijalla voi olla vaikeampi aika hakea työtä.