Varfariinin sivuvaikutuksia ovat verenvuoto, nekroosi, luutiheyden väheneminen ja violetti varpaiden oireyhtymä. Nämä haittavaikutukset johtuvat usein varfariinin yhteisvaikutuksesta joko tavallisten lääkkeiden ja joidenkin elintarvikkeiden kanssa. Varfariinin sivuvaikutuksia on seurattava huolellisesti sen varmistamiseksi, että sen annos on riittävä ja turvallinen. Päivittäiset potilaan veren tutkimukset voivat olla tarpeen varfariinihoidon alkuvaiheessa. Tämän testin ensisijainen tavoite on varmistaa, ettei varfariini aiheuta potilaalle verenvuotoa.
Verenvuoto on yksi varfariinin yleisimmistä sivuvaikutuksista, ja sitä esiintyy jopa 2.7 prosentissa tapauksista. Lääkärin on aina punnittava hyödyt ja verenvuotoriskit ennen varfariinin määräämistä. Erityisiä esimerkkejä varfariinin aiheuttamasta verenvuodosta ovat mustelmat, veren yskiminen, nenäverenvuoto ja verinen virtsa. Verenvuotoriski kasvaa edelleen, kun varfariinia käytetään yhdessä ei-steroidisten tulehduskipulääkkeiden ja verihiutaleiden kanssa. Hemodialyysipotilailla ja vanhuksilla on suurempi verenvuotoriski varfariinia käytettäessä.
Nekroosi on yksi harvoista varfariinin sivuvaikutuksista, joka vaikuttaa pääasiassa ihoon ja raajoihin. Sitä esiintyy todennäköisimmin potilailla, joilla on C -vitamiinin puutos, toinen antikoagulantti, joka vaatii K -vitamiinia. Varfariini alentaa aluksi veren C -proteiinipitoisuutta nopeammin kuin hyytymistekijöitä. Tämä voi johtaa massiivisiin verihyytymiin, jotka voivat aiheuttaa nekroosia ja gangreenia. Potilaat, joilla on riski saada varfariininekroosi, saavat tyypillisesti hepariinia yhdessä varfariinin kanssa.
Luun tiheyden väheneminen, joka tunnetaan myös nimellä osteoporoosi, voi myös olla yksi varfariinin sivuvaikutuksista. Vuonna 1999 tehty tutkimus, johon osallistui 572 naista, jotka ottivat varfariinia, osoitti lisääntynyttä kylkiluun ja selkärangan murtumia. Eräässä toisessa miehillä vuonna 2006 tehdyssä tutkimuksessa varfariinin käyttö vähintään vuoden ajan liittyi osteoporoosista johtuvien luunmurtumien riskin kasvuun 60%. Varfariinin aiheuttama osteoporoosin lisääntynyt riski voi johtua K -vitamiinin tarpeesta joidenkin luuproteiinien muodostumisessa.
Purppura varvasoireyhtymä on yksi harvinaisista varfariinin sivuvaikutuksista. Ensisijainen oire on sininen tai violetti värimuutos, joka vaikuttaa eniten isovarpaaseen, mutta voi esiintyä myös muualla jaloissa. Violetin varpaan oireyhtymä ilmenee tyypillisesti kahdeksan viikon kuluessa varfariinihoidon aloittamisesta. Todennäköinen violetin varpaan oireyhtymän syy on kolesterolin kertyminen jalkojen ihoon.