Vesipuutarhan suunnittelu on se, miltä vesipuutarha on tarkoitus näyttää ja toimia, kun se on täysin valmis. Suunnitelmiin vaikuttavat monet tekijät, kuten maisema, käytettävissä oleva alue, sijainti ja vesipuutarhan käyttötarkoitukset; kasviston tai eläimistön viljelyyn, alueen geologisiin ominaisuuksiin ja moniin muihin näkökohtiin. Takapihan puutarhanhoitajan mieltymyksellä ja maulla on myös suuri rooli suunnittelussa.
Maisema määrää ehdottomasti vesipuutarhan suunnittelun sanomalla, miten kaltevuus vaikuttaa siihen. Jos maisema on kalteva, on noudatettava varovaisuutta maaperän eroosion vähentämiseksi koi -lampiin ja veden pitämiseksi samalla tasolla. Kalteva maisema on loistava kalalammen luomiseen, ja siinä on kauniita ominaisuuksia, kuten takapihan vesiputouksia ja kaihia. Se myös helpottaa veden tuloa ja poistoa, varsinkin jos vesijohdot ovat korkeammalla.
Käytettävissä oleva tila auttaa määrittämään vesipuutarhan suunnittelun koon ja muodon suuresti. Vesikuvan sijainti alueella määrittää asennettavien lisäominaisuuksien lukumäärän ja toteutettavat turvatoimenpiteet. Sijainti vaikuttaa myös veden takapihan puutarhanhoitoon määrittelemällä käytettävät materiaalit ja työkalut geologisten ominaisuuksien, kuten maaperän, kivien ja muiden luonnontekijöiden vuoksi. Tämä vaikuttaa myös takapihan puutarhanhoitohankkeen budjettiin.
Tarkoitettu toiminto on ratkaiseva tekijä vesipuutarhan suunnittelussa; esimerkki on koilampi, joka on melko syvä, eikä sitä voida käyttää useimpien kasvien viljelyyn; sitä voidaan käyttää vain kalaan. Kasvivesipuutarhan suunnittelun on oltava hieman matala, jotta kasvit pääsevät auringonvaloon fotosynteesinsä vuoksi. Toiminto vaikuttaa myös kalalammen suunnitteluun vaatimalla erikoistyökalujen käyttöä ja asentamista.
Toinen perustekijä, joka on otettava huomioon ja joka täysin määrää vesipuutarhan suunnittelun, on budjetti. Se määrittää, miten muut tekijät käsitellään. Se vaikuttaa kokoon, sijaintiin, toimintoon ja käytettyihin materiaaleihin; työvoimakustannukset ja lisäominaisuudet, kuten vesiputoukset, koristeet ja muut, hankkeen toteuttamisajan hahmottamisen lisäksi.
Omistajan nykyiset suuntaukset, maut ja mieltymykset vaikuttavat myös suunnittelun valintaan. Nykyään kodin sisustamiseen suhtaudutaan erittäin vakavasti, koska sen etuna on tuoda lisäarvoa mihin tahansa kotiin tai yritykseen.