Virtsa laimennetaan normaalisti niin, ettei siinä ole hajua tai vain heikosti havaittavissa oleva haju. Muutokset virtsan hajussa liittyvät useimmiten äskettäin kulutettuun ruokaan, kuten parsaan tai mausteisiin, kuten valkosipuliin tai curryan, eikä aiheuta hälytystä. Muissa tapauksissa epänormaalin vahva, makea tai ammoniakin hajuinen virtsa voi viitata sairauteen.
Keskittynyt virtsan haju, joka muistuttaa tavallista kotitalouksien puhdistusaineen ammoniakkia, voi viitata joko virtsarakon pidätysongelmaan tai mahdolliseen nestehukkaan. Virtsarakon pidätys on kyvyttömyys tai heikentynyt kyky virtsata. Tämä tila voi johtaa siihen, että virtsan komponentit, kuten ammoniakki, muuttuvat riittävän väkeviksi tuottamaan voimakkaan virtsan hajun, kun ne vapautuvat. Kuivuminen tapahtuu, kun vettä ei ole riittävästi. Vesi on tärkeä osa virtsaa, ja veden puute voi johtaa virtsaan, jossa on enemmän jätteitä ja voimakas haju.
Kun virtsa haisee normaalilta, mutta haju on tavallista voimakkaampi, sitä kuvataan usein pistäväksi. Pistävä virtsan haju voi ilmaista nestehukkaa tai virtsatieinfektiota, jos virtsasta tarttuu infektion bakteereja ja niistä tulee haju jätteelle. Virtsatieinfektioiden on myös tiedetty tuottavan epämiellyttävää tai jopa tunkkaista hajuista virtsaa.
Makean tuoksuinen virtsa voi olla merkki diabeteksesta tai diabeettisesta ketoasidoosista. Jos virtsalla on jatkuvasti ominaisen makea haju, lääkäriin on mentävä arvioimaan, onko diabetes kehittynyt. Diabeettinen ketoasidoosi ilmenee, kun insuliinia ei säädellä kunnolla ja rasvahapot hajoavat insuliinin sijasta. Tässä tilanteessa rasvahappojen metaboloitumisprosessi happamoittaa veren ja tuottaa lopulta makean hajuisen virtsan.
Virtsa, joka tuoksuu vaahterasiirapille, voi ilmoittaa vaahterasiirapin virtsataudista. Tämä perinnöllinen aineenvaihduntahäiriö johtuu siitä, että keho ei pysty hajottamaan joitain proteiiniosia, mikä johtaa makean virtsan hajuun. Vaahterasiirapin virtsatautia hoidetaan erityisellä proteiinittomalla ruokavaliolla.
Monet elintarvikkeet ja mausteet voivat siirtää niiden ominaiset hajut virtsaan. Parsan tiedetään tuottavan virtsaa, jolla on outo, mätäkaalin tuoksu. Muiden elintarvikkeiden, kuten kahvin, curryn, valkosipulin ja jopa joidenkin aamiaismurojen, tiedetään myös antavan virtsalle selkeän tuoksun. Nämä epätavalliset hajut ovat vain väliaikaisia ja niiden pitäisi hävitä ruoan sulattamisen ja ohittamisen jälkeen.