Yleisimmät Armour® -kilpirauhasen sivuvaikutukset ilmenevät, kun henkilö ottaa liian suuren reseptilääkkeen annoksen kilpirauhashormonitasojensa perusteella; voi olla vaikeaa saavuttaa oikea annos ensimmäisellä yrityksellä, joten tämä on melko yleistä. Kun näin tapahtuu, sivuvaikutukset jäljittelevät kilpirauhasen liikatoiminnan oireita, koska sen sijaan, että verenkierrossa olisi liian vähän kilpirauhashormonia (kilpirauhasen vajaatoiminta), keholla on yhtäkkiä liikaa. Näitä oireita ovat usein mm. Lisääntynyt nälkä ja jano, johon liittyy painonlasku, hiustenlähtö, nopea sydämenlyönti tai kohonnut kehon lämpötila.
On tärkeää muistaa, että Armour® -kilpirauhasen sivuvaikutuksiin voi kuulua myös allergisia reaktioita, jotka voivat olla erittäin vaarallisia tai jopa hengenvaarallisia. Allergiset reaktiot ilmenevät tyypillisesti nokkosihottumasta tai ihottumasta sekä suun, kielen tai kurkun turvotuksesta, johon joskus liittyy hengitysvaikeuksia. On tärkeää saada lääkärin apua, jos jokin näistä oireista ilmenee. Useimmissa tapauksissa Armour® -kilpirauhaslääkitys on kuitenkin yleensä hyvin siedetty useimmille ihmisille, joille lääke on määrätty, niin kauan kuin annostus on oikea eikä ole allerginen sille.
Koska yleisimmät Armour® -kilpirauhasen sivuvaikutukset jäljittelevät kilpirauhasen liikatoimintaa, on tärkeää olla valppaana ja tarkkailla niitä. Jos niitä ilmenee, lääkkeen määräänyt lääkäri voi suorittaa yksinkertaisen verikokeen, jolla voidaan tarkistaa veren kilpirauhashormonitasot, ja tehdä sitten säädettyä annostusta kehon tarpeiden mukaan. Tämä voi kestää jonkin aikaa, varsinkin kun kilpirauhasen toiminta voi muuttua ulkoisten tekijöiden, kuten ruokavalion, perusteella. Kun oikea annostus on löydetty, sivuvaikutusten pitäisi kadota kokonaan; jos eivät, keskustele ongelmista lääkärin kanssa, kunnes ratkaisu löytyy.
Armour® -kilpirauhasen haittavaikutuksia ovat muutokset kehon aineenvaihdunnassa, mikä saa aineenvaihdunnan ja kehon prosessit nopeutumaan. Tämä johtaa tyypillisesti lisääntynytyn ruokahaluun tai janoon ilman huomattavaa painonnousua; jotkut jopa laihduttavat. Tämä aiheuttaa myös usein hiustenlähtöä ja joskus muutoksia kuukautiskiertoon. Jotkut potilaat voivat usein tuntea olonsa kuumiksi tai punoittaviksi johtuen kehon lämpötilan noususta ja korkeammasta verenpaineesta, johon liittyy nopea tai epäsäännöllinen syke. Mielialan muutoksia, kuten ahdistusta tai ärtyneisyyttä, voi esiintyä, ja joillakin ihmisillä on myös vatsavaivoja.