Yleisimpiä hormonikorvausriskejä ovat sydänkohtaus ja aivohalvaus. Hormonikorvaushoitoa saavilla naisilla on myös suurempi riski tietyntyyppisille syöpille, mukaan lukien rintasyöpä. Hormoniterapian korvausriskeihin kuuluu myös verihyytymiä. Maksasairaus voi olla toinen riski hormonikorvaushoidosta.
Vaihdevuodet ohittaneilla naisilla voi esiintyä kuumia aaltoja, mielialan vaihteluita tai emättimen kuivuutta hormonituotannon vähenemisen vuoksi. Kun muut hoitomenetelmät eivät tuota tuloksia, jotkut naiset valitsevat hormonikorvaushoidon. Monet lääkärit ovat kuitenkin varovaisia tämän hoidon määräämisessä hormonikorvaushoidon riskien vuoksi.
Hormonikorvaushoitoa saavilla naisilla on raportoitu vakavia komplikaatioita. Estrogeenia ja progestiinia annetaan yleisimmin naisille, jotka käyttävät tätä hoitoa. Tutkimukset osoittavat lisääntyneen sydänsairauden tai sydänkohtauksen riskin näiden hormonien käytön aikana. Monet naiset, jotka olivat osallistuneet vuoden 2002 tutkimukseen, kokivat vakavia sivuvaikutuksia näiden lisäravinteiden käytön aikana.
Rintasyövän lisääntyneen riskin lisäksi hormonikorvaushoidon riskeihin kuuluu myös korkeampi kohdunkaulan syöpä. Tutkimukset ovat osoittaneet, että naisilla, jotka käyttävät annoksia estrogeenia, progestiinia tai molempia, saattaa olla suurempi riski endometriumsyövän kehittymiseen. Tämä riski kasvaa huomattavasti, kun nainen käyttää pelkkää estrogeenia. Lisääntynyt munasarjasyövän riski liittyy myös hormonilisien käyttöön.
Hormonivalmisteiden käyttöön liittyy muita, vähemmän vakavia reaktioita. Muita haittavaikutuksia ovat ruoansulatushäiriöt ja närästys. Muita yleisiä hormonihoidon korvausriskejä ovat pahoinvointi ja oksentelu. Jotkut naiset ovat myös ilmoittaneet sivuvaikutuksista, kuten migreenipäänsärystä ja emättimen verenvuodosta hormonilisähoidon aikana.
Tunnehäiriöitä on raportoitu myös yleisinä hormonikorvaushoidon riskeinä. Näitä ei kuitenkaan raportoida niin yleisesti kuin muita haittavaikutuksia. Joitakin häiriöitä ovat univaikeudet, ärtyneisyys ja mielialan vaihtelut. Jotkut naiset ovat myös raportoineet kokeneensa outoja unia tai painajaisia hormonikorvaushoidon aikana.
Muita yleisiä hormonikorvaushoidon riskejä voivat olla akne ja pienet ihoärsytykset. Hormonikorvaushoidon erilaisiin sivuvaikutuksiin voi kuulua myös ruokahalun heikkeneminen tai äkillinen painonlasku. Painonnousu voi olla hormonikorvaushoidon toinen sivuvaikutus. Hengenahdistus tai hengityksen vinkuminen voivat olla myös hormonikorvaushoitoon liittyviä sivuvaikutuksia. Muita hormonikorvaushoidon hengityselimiin liittyviä sivuvaikutuksia voivat olla kuiva yskä tai puristava tunne rinnassa.