Mitä tahansa tahallista toimintaa, jonka tarkoituksena on vahingoittaa itseään ilman itsemurhaa, kuten ihon leikkaaminen tai polttaminen, katsotaan itsensä vahingoittamiseksi. Vaikka monet eri tekijät voivat johtaa tahalliseen itsensä vahingoittamiseen, mielenterveysongelmat ovat erittäin yleisiä itsensä vahingoittamisen syitä. Muut itsensä vahingoittamisen syyt voivat liittyä sosiaaliseen ympäristöön, geneettiseen taustaan tai muihin sukututkimukseen liittyviin kysymyksiin. Itsensä vahingoittamisen eri syyt liittyvät yleensä myös korkeaan stressiin tai emotionaaliseen dissosiaatioon, jotka molemmat voivat johtaa itsensä vahingoittamiseen. Ne, jotka vahingoittavat itseään stressin vuoksi, tuntevat olonsa rauhallisiksi ja hallitseviksi myöhemmin, kun taas ne, jotka vahingoittavat itseään emotionaalisen etäisyyden ja dissosiaation vuoksi, tuntevat olevansa elävämpiä ja yhteydessä toisiinsa.
Mielisairaudet, kuten masennus ja kaksisuuntainen mielialahäiriö, ovat yleisiä itsensä vahingoittamisen syitä, koska ne voivat johtaa sekä korkeaan stressitasoon että dissosiaatio- ja tunnottomuusongelmiin. Monet ihmiset eivät tiedä, miten käsitellä myrskyisiä emotionaalisia tiloja, jotka johtuvat usein mielisairauksista. Joissakin tapauksissa fyysinen kipu tarjoaa väliaikaisen turvapaikan emotionaaliselta tuskalta, joten ihmiset vahingoittavat itseään yrittäessään häiritä itseään myrskyisiltä emotionaalisilta tiloiltaan. Itsensä vahingoittaminen voi kuitenkin johtaa emotionaalisiin levottomuuksiin, koska useimmilla ihmisillä ei ole yksiselitteisesti myönteisiä tunteita itsensä vahingoittamisesta.
Jotkut itsensä vahingoittamisen syyt voivat johtua myös ympäristöongelmista, kuten perheenjäsenen hyväksikäytöstä tai sodasta kodin lähellä. Kuinka erilaiset tilanteet johtavat itsensä vahingoittamiseen, vaihtelee tapauskohtaisesti. Vanhempien hyväksikäyttö voi esimerkiksi saada tuntemaan itsensä riittämättömäksi, joten hän voi vahingoittaa itseään inhoamisen tunteesta. Vaihtoehtoisesti sodan runtelemassa ympäristössä eläminen voi jättää ihmisen emotionaalisesti raakana ja hajanaisena ja tuntea, että hänellä on vähän valtaa mihinkään. Tällaisessa tapauksessa hän voi harjoittaa itsensä vahingoittamista palauttaakseen jonkinlaisen hallinnan elämänsä ja emotionaalisen tilansa hallintaan.
On monia muita itsensä vahingoittamisen syitä, jotka liittyvät vain heikosti mielisairauksiin tai ympäristötekijöihin. Jotkut geneettiset olosuhteet on liitetty esimerkiksi lisääntyviin itsetuhoisiin taipumuksiin. Samoin tietyt päihteiden käytön, riippuvuuden ja vieroitusoireiden muodot voivat johtaa itsetuhoisiin taipumuksiin.
Harvoissa tapauksissa itsensä vahingoittaminen voi olla tahallinen ja laskettu teko. Ihminen voi vahingoittaa itseään kiinnittääkseen huomiota taustalla olevaan emotionaaliseen kipuun toivoessaan löytää apua. Vaihtoehtoisesti voi käyttää itsensä vahingoittamista manipuloidakseen muiden ihmisten toimia. Vaikka tällainen manipulointi voi vaikuttaa haitalliselta, se on itsessään usein todiste emotionaalisen kärsimyksen taustalla.