Verrattuna muihin kuljetusmuotoihin junat ovat suhteellisen turvallisia eivätkä junien kuolemat ole yleisiä. Niitä kuitenkin esiintyy, ja yleisin syy tällaisiin junan kuolemiin on junien/valtatien ylitykset, jotka on suunniteltu puutteellisesti. Rajoitettu näkyvyys autonkuljettajalle, heikko näkyvyys junan kuljettajalle, riittämättömät varoitusjärjestelmät ja inhimillinen erehdys ovat kaikki yleisiä syitä onnettomuuksiin tällaisissa paikoissa junaradan varrella. Muita junatapaturmien aiheuttamia kuolemantapauksia ovat vialliset laitteet, kuljettajan virhe, kuljettajan väsyminen tai kuljettajan laiminlyönti junan risteyksissä.
Juna- ja valtatien risteyksiä on kaikkialla maailmassa, mikä aiheuttaa riskin junan kuljettajille ja autonkuljettajille, jos näitä risteyksiä ei suunnitella tai ylläpidetä asianmukaisesti. Näissä risteyksissä tapahtuu usein junakuolemia, koska kuljettajilla ei ehkä ole riittävää näkyvyyttä näissä paikoissa. Jos kuljettaja ei näe junan tulevan, hän voi yrittää ylittää risteyksen junan tullessa. Useimmissa risteyksissä portit ylittävät teitä estääkseen kuljettajia ylittämästä, mutta vialliset laitteet voivat vaikuttaa junien kuolemaan näillä risteyksillä. Jotkut kuljettajat voivat tehdä kuljettajan virheen yrittäessään “lyödä” risteyksen vartijoita ajaen raiteiden yli nopeasti ennen kuin portit putoavat. Tämä on vaarallista ja voi johtaa törmäykseen tulevan junan kanssa.
Junan pysäyttäminen nopeuden lisäämisen jälkeen on erittäin vaikeaa, joten junan kuljettajat on koulutettava käyttämään kaikkia jarrujärjestelmiä turvallisesti ongelman sattuessa. Yksi yleinen syy junien kuolemaan on kuljettajan virhe, jossa junan kuljettaja ei pysäytä tai hidasta junaa kunnolla tai ei varoita saapuvia ajoneuvoja junan ohittamisesta. Jokaisessa risteyksessä vaaditaan erityisiä äänitorvien räjäytyskuvioita, ja näiden äänitorvien räjäytysten laiminlyönti voi johtaa mahdollisesti kuolemaan johtaviin onnettomuuksiin. Junan hidastamatta jättäminen ennen mutkia tai käännöksiä voi myös johtaa suistumiseen, mikä tapahtuu, kun yksi tai useampi junan autoista tai moottoreista poistuu raiteilta.
Toinen taitojunien kuljettaja on koulutettu kehittämään nopeusrajoitusten noudattamista ja junan käsittelyn ymmärtämistä. Junan nopeus voi vaihdella maastosta ja kuljettajan ohjaamasta moottorista riippuen, ja juna, joka liikkuu radalla liian nopeasti, voi suistua raiteilta. Pysähtymismatkat lisääntyvät myös huomattavasti junan nopeuden kasvaessa, joten kuljettajalla on vähemmän mahdollisuuksia hidastaa tai pysäyttää juna hätätilanteen sattuessa.