Kohdun kipu yhdynnän jälkeen johtuu yleensä liian karkeasta tai voimakkaasta yhdynnästä, ja sitä voidaan välttää yksinkertaisesti säätämällä yhdynnän aikana käytettyjä tekniikoita. Yleisimmät lääketieteelliset syyt tällaiseen kipuun ovat endometrioosi, munasarjakystat ja fibroidikasvaimet. Kipu voi johtua myös sukupuolitaudeista (STD). Joissakin tapauksissa kipu johtuu synnynnäisistä vikoista. Tentin ja sukupuolitautitestin saaminen gynekologilta on paras tapa diagnosoida epämukavuuden tarkka syy.
Karkean yhdynnän ulkopuolella todennäköisin syy epämukavuuteen on endometrioosi, yleinen tila, jossa kohdun limakalvon kaltaisia soluja kasvaa kohdun ulkopuolella olevilla elimillä. Yleisimmin vaikuttavat osat ovat munasarjat, kohdun takana olevat alueet ja paksusuoli. Tämä aiheuttaa kasvainten kehittymistä, jotka voivat altistua huomattavalle osalle kipua, jos ne altistuvat paineelle kuten yhdynnässä. Vaikka endometrioosiin ei ole suoraa parannuskeinoa, lääkkeet, kuten ei-steroidiset tulehduskipulääkkeet (NSAID), voivat tarjota väliaikaista helpotusta kohdun kipuihin yhdynnän jälkeen.
Munasarjojen kystat voivat myös aiheuttaa kipua muuten terveessä kohdussa, erityisesti yhdynnän aikana tai sen jälkeen. Nämä nesteellä täytetyt pussit sijaitsevat munasarjan pinnalla. Vaikka harvat kystat osoittavat havaittavia oireita, kasvuun kohdistuva paine tai vaurio voi aiheuttaa kipua ympäröivillä alueilla. Yhdyntä voi esimerkiksi aiheuttaa munasarjakystien repeämisen, verenvuodon tai kiertymisen. Jos kohdun kipua yhdynnän jälkeen seuraa kuume tai oksentelu, henkilön on hakeuduttava välittömästi lääkärin hoitoon.
Kohdun fibroidit ovat toinen mahdollinen syy kohdun kipuun seksin jälkeen. Vaikka nämä hitaasti kasvavat ei-syöpäkasvaimet aiheuttavat harvoin merkittäviä oireita, noin 25% kohdun fibroideista kärsivistä potilaista ilmoittaa tuntevansa kipua. Kohdut voidaan havaita gynekologisen tutkimuksen avulla; kaikki diagnoosin aikana havaitut kasvut voidaan poistaa leikkauksella.
Jos kohdun kipua yhdynnän jälkeen liittyy epänormaali vuoto emättimestä, potilas on saattanut saada klamydia -nimisen sukupuolitaudin. Klamydia on bakteeri -infektio, joka leviää emättimen tai peräaukon kautta. Tämä sukupuolitauti ei aina aiheuta oireita, joten se voi vahingoittaa lisääntymiselimiä ennen kuin potilas kokee jotain vikaa. Hoitamattomana klamydia voi johtaa lantion tulehdussairauteen tai kohdunkaulan tulehdukseen, jotka molemmat voivat aiheuttaa kipua yhdynnän jälkeen.
Jotkut potilaat saattavat syntyä fysiologisilla vikoilla, jotka lisäävät epämukavuutta parisuhteen jälkeen. Esimerkiksi retrovertoitu kohtu on kohtu, joka kallistuu taaksepäin lantioon. Tämä tila voi joskus aiheuttaa kohdun kipua yhdynnän jälkeen, koska se aiheuttaa painetta peräsuoleen ja ympäröiviin nivelsiteisiin. Kipu voidaan estää vaihtamalla asentoa tai kirurgisella toimenpiteellä kohdun säätämiseksi oikeaan asentoon.