Yleisin syy kuukautisten puuttumiseen, joka tunnetaan lääketieteellisesti amenorreana, on raskaus. Muita fyysisiä syitä, joiden vuoksi lisääntymisikäinen nainen voi menettää aikansa, ovat sairaus, laihtuminen ja painonnousu. Ehkäisyvalmisteet, jotka tuovat keholle keinotekoisia hormoneja, kuten ehkäisypillerit, laastarit ja laukaukset, voivat aiheuttaa kuukautisten puuttumisen. Naisen psyykkinen tila, erityisesti äärimmäinen stressi, voi joskus selittää kuukautisten puuttumisen.
Kuukautiset syntyvät, kun kohdun limakalvo irtoaa joka kuukausi. Tämä vuoraus kehittyy ovulaation jälkeen ja saa hedelmöitetyn munan. Kun raskaus tapahtuu, vuori pysyy paikallaan, eikä naisella ole kuukautisia. Jos nainen imettää, hänellä voi olla kuukautisia, koska kohdun limakalvo ei irtoa. Vaikka kuukautisia ei ole, nainen voi ovuloida ja tulla raskaaksi imetyksen aikana.
Hormonaalisen ehkäisyn käyttö aiheuttaa usein kuukautisten puuttumisen, koska nämä ehkäisyvalmisteet on suunniteltu estämään ovulaatio. Kun naisen keho ei ovuloi, kuukautisia ei ole, koska kohdun limakalvo ei irtoa. Nainen alkaa yleensä ovulaation ja säännölliset kuukautiset muutaman kuukauden kuluessa hormonaalisen ehkäisyn käytön lopettamisesta.
Lääkärit määrittelevät kahdenlaisia amenorreaa. Jos tyttö ei ole aloittanut kuukautisia 16 -vuotiaana, sitä kutsutaan primaariseksi amenorreaksi. Kun naisella, jolla on ollut kuukautiset aikaisemmin, kuukautiset puuttuvat yhden tai useamman kuukauden ajan, lääkärit kutsuvat tätä tilaa toissijaiseksi amenorreaksi.
Muita sekundaarisen amenorrean syitä ovat lääkkeet, kuten masennuslääkkeet, steroidit ja kemoterapia. Urheilijat ja syömishäiriöiset naiset voivat myös olla alttiita kuukautisten puuttumiselle. Ovulaatiota ei usein tapahdu, kun nainen painaa liian vähän tai hänellä on äärimmäistä fyysistä rasitusta, kuten fyysistä rasitusta, jonka urheilijat kestävät. Jos ovulaatiota ei tapahdu, kuukautisia ei ole.
Kuukautisten puuttuminen voi tapahtua myös naisen lähestyessä vaihdevuodet. Aikana, joka tunnetaan nimellä peri-vaihdevuodet, naisen keho siirtyy lisääntymisvuosistaan siihen aikaan, jolloin ovulaatiota ei enää tapahdu. Vaihdevuosien aikana kuukautiskierto voi olla epäsäännöllinen, ja voi olla kuukausia peräkkäin, jolloin nainen ei kuukautisia.
Primaarisen amenorrean tapauksessa syitä voivat olla kromosomaaliset, hypotalamuksen ja aivolisäkkeen häiriöt. Tyttö on saattanut syntyä kohdun, kohdunkaulan tai muiden lisääntymiselinten poikkeavuuksilla, jotka estävät häntä ovulaatiosta tai kuukautisista. Anoreksia, Cushingin tauti ja liikalihavuus voivat myös olla primaarisen amenorrean syy.