Lihas- ja nivelkipu voi johtua useista olosuhteista. Näiden oireiden samanaikainen kokeminen johtuu yleensä influenssasta tai muusta yleisestä virus- tai bakteeri -infektiosta. Vakavammat sairaudet voivat myös aiheuttaa potilaiden lihas- ja nivelkipuja. Näitä ovat systemaattinen lupus erythematosus (SLE), johon yleisesti viitataan nimellä lupus, niveltulehdus, kilpirauhasen liikatoiminta ja fibromyalgia. Lisäksi on olemassa useita toisiinsa liittymättömiä tiloja, joista henkilö voi kärsiä samanaikaisesti ja jotka voivat aiheuttaa lihas- ja nivelkipuja.
Influenssa on yksi yleisimmistä sairauksista, jotka liittyvät samanaikaisiin lihas- ja nivelkipuihin. Todellisuudessa influenssavirus itse ei ole syyllinen flunssaan liittyviin kipuihin. Pikemminkin proteiinit nimeltä interleukiinit, joita elimistö tuottaa infektioiden torjumiseksi, ovat vastuussa aiheuttamaan lihas- ja nivelkipuja influenssatartunnasta kärsiville. Influenssavirus ei ole ainoa infektio, joka katalysoi kehon interleukiinien tuottamiseen. Mikä tahansa virus- tai bakteeri -infektio voi saada kehon mobilisoimaan interleukiinit puolustukseen, mikä johtaa lihasten ja nivelten kipuun.
Toinen yleinen syy kipuihin lihaksissa ja nivelissä on sairaus, joka tunnetaan nimellä lupus. Lupus -potilailla ei ole kunnolla toimivaa immuunijärjestelmää. Heidän kehonsa tuottavat vasta -aineita, jotka ovat luokka proteiineja, jotka keho tuottaa torjumaan infektioita, vaikka virus- tai bakteeriuhkaakin puuttuisi. Ilman virus- tai bakteerikohdetta nämä vasta -aineet alkavat hyökätä normaaleihin kehon kudoksiin, mikä johtaa lihasten ja nivelten kipuun sekä lukemattomiin muihin oireisiin.
Erityisen yleistä nivelreumasta kärsiville on kipua nivelissä ja lihaksissa. Nivelreuma on autoimmuunisairaus, jossa henkilön nivelet turpoavat. Tämä tulehdus aiheuttaa nivelten kipua, ja nivelten turvotus aiheuttaa usein turvotusta viereisissä lihasryhmissä. Lihasten tulehdus aiheuttaa tähän häiriöön liittyvää lihaskipua.
Fibryomyalgia viittaa pitkäaikaiseen tilaan, jolle on tunnusomaista lihasten jäykkyys ja kipu. Yleensä lääkärit uskovat tämän sairauden olevan tuki- ja liikuntaelinsairaus, joka johtaa arkuuteen lihaksissa. Useimmissa tapauksissa kipu leviää muualle kehoon, minkä vuoksi potilaat voivat ilmoittaa tuntevansa kipua nivelissään ja lihaksissaan. Lihasten arkuus voi johtua myös kilpirauhasen liikatoiminnasta, tilasta, jossa kilpirauhanen tuottaa liikaa hormoneja. Nämä hormonit voivat heikentää lihaksia ja lisätä nivelkipuja.
Lihas- ja nivelkipujen samanaikaiseen kokemiseen on useita lääketieteellisiä syitä, jotka eivät välttämättä liity toisiinsa. Esimerkiksi henkilö on saattanut loukata lihaksensa ja kärsiä vammaan liittyvästä kivusta. Samaan aikaan tämä sama henkilö voi myös kärsiä nivelkivusta, joka liittyy kihtiin kutsuttuun sairauteen, joka aiheuttaa kivuliaita tulehduksia nivelissä.