Verkon ylläpidossa järjestelmänvalvojat kohtaavat monia verkonhallintaongelmia, mikä helpottaa verkkokäytäntöjen ja -strategioiden tarvetta. Piratismi ja hakkerointi ovat yleisiä ongelmia verkon ylläpidossa, ja tämä voi maksaa yrityksille huomattavasti, jos niitä ei pidetä kurissa. Monet verkot ovat langattomia, joten yksi yleisimmistä verkonhallintaongelmista on varmistaa, että langattomat häiriöt eivät estä verkkoa toimimasta. Monet verkot laajenevat ajan myötä, joten skaalautuvuudesta tulee ongelma useimmille järjestelmänvalvojille. Työntekijät tarvitsevat usein ohjelmia työssään, ja ohjelmien asentaminen jokaiseen tietokoneeseen ja niiden päivittäminen voi olla vaikeaa.
Hakkerointi ja piratismi voivat vaikuttaa mihin tahansa tietokoneen käyttäjään, mutta useimmat hakkerit etsivät aktiivisesti yritysverkostoja useammin kuin tavallisia käyttäjiä. Tämä johtuu siitä, että verkostoilla on yleensä arvokasta tietoa, joka voidaan myydä muille ihmisille tai yrityksille. Tämä tarkoittaa sitä, että järjestelmänvalvojien on oltava jatkuvasti hakkereiden valvonnassa. Vaikka palomuurit ja virustentorjuntaohjelmistot pysäyttävät joitakin hakkereita, järjestelmänvalvojien on ehkä suoritettava kehittyneempiä turvatoimia hyökkäyksen aikana, jotta hakkeri ei pääse liian syvälle järjestelmään.
Vaikka langattomilla verkoilla on monia etuja, ne ovat alttiita häiriöille, mikä on yksi yleisimmistä verkonhallintaongelmista. Langattomat häiriöt voivat johtua monista asioista, ja järjestelmänvalvojien on tehtävä kaikkensa estääkseen häiriöt aiheuttamasta suuria seisokkeja. Häiriöitä ei voida hallita kokonaan, koska luonnolliset tekijät estävät sen, mutta järjestelmänvalvojat voivat yrittää määrittää verkkoja, joten häiriöt ovat harvinaisia.
Koska verkon toimintaan tarvitaan yhä enemmän dataa ja työntekijöitä, skaalautuvuus on yksi yleisimmistä verkonhallintaongelmista. Skaalautuvuus edellyttää verkon kasvua, mikä pakottaa järjestelmänvalvojat suorittamaan monia tehtäviä. Uusia palvelimia saatetaan tarvita, mikä vaatisi enemmän tilaa palvelimien säilyttämiseen; palvelimet voivat nostaa käyttökustannuksia virran ja lämmön vuoksi; ja tarvittava valtava määrä muistia on säilytettävä oikein. Järjestelmänvalvojien tehtävänä on hallita verkon uutta kokoa ja skaalata verkkoa edullisimmin.
Ohjelmiston asentaminen ja hallinta kaikille verkon tietokoneille on yksi verkonhallintaongelmista, jotka voivat olla hyvin tylsiä. Järjestelmänvalvojien on käytävä läpi jokainen tietokone varmistaakseen, että jokaisella on oikea ohjelmisto, ja heidän on myös pidettävä ohjelmisto ajan tasalla. Yleensä on ohjelmia, joiden avulla järjestelmänvalvojat voivat yksinkertaistaa tätä tehtävää, mutta manuaalinen asennus saattaa silti olla tarpeen joissakin tapauksissa.