On olemassa useita yleisiä ongelmia, jotka voivat vaikuttaa iguanan terveyteen. Jotkut merkittävimmistä iguaanin terveysongelmista sisältävät metabolisen luusairauden, munasidoksen ja virtsarakon kivet. Monet näistä terveysongelmista voidaan kuitenkin välttää harjoittamalla asianmukaista iguaanhoitoa.
Yleisin iguanan terveysongelma on metabolinen luusairaus (MBD), jota esiintyy pääasiassa vankeudessa olevissa iguaaneissa. MBD esiintyy yleensä, kun uusille iguaanin omistajille annetaan vääriä ravitsemustietoja. Esimerkiksi monia uusia omistajia kehotetaan syöttämään salaattia iguaanilleen. Vaikka salaatti tarjoaa huomattavan määrän kosteutta, siitä puuttuvat iguaanien tarvitsemat vitamiinit ja kivennäisaineet. Jos iguaani syö vain salaattia, ajankohtaiseksi kastikkeeksi voidaan lisätä vitamiini-mineraalijauhetta.
Toinen yleinen iguaanin terveysongelma on munien sitominen. Se tapahtuu, kun raskaana oleva naarasleguaani ei pysty karkottamaan munaa lisääntymistiehyestä. Tämä voi johtua aliravitsemuksesta tai epämuodostuneista munista. Munan sitoutumisen hoitoon kuuluu leikkaus ja lääkitys.
Virtsarakon kivet ovat myös hyvin yleinen ongelma, joka liittyy iguanan terveyteen. Iguaanien virtsa sisältää mineraaleja, jotka yleensä hajoavat luonnollisesti, mutta jos ne eivät hajoa, ne alkavat kerääntyä, mikä voi aiheuttaa virtsarakon kivien kehittymistä. Iguana saattaa muuttua uneliaaksi ja alkaa rasittaa virtsaamisen aikana. Jos virtsarakon kivi jatkaa kasvuaan, iguanan vatsa voi turvota. Virtsarakon kiven onnistunut poisto voidaan saavuttaa vain leikkauksella.
Nenän hankaukset ovat myös yleisiä iguaanin terveysongelmia. Iguaani voi saada nenän hankauksen lyömällä nenänsä kotelon seinää vasten. Tämä tapahtuu yleensä sen seurauksena, että iguaani yrittää päästä ulos kotelosta. Ajan myötä nenään voi kehittyä hankausta ja se voi johtaa vakavampiin vammoihin.
Palovammat ovat toinen yleinen iguaaneihin liittyvä terveysongelma. Monet iguaanin omistajat ostavat hehkulamppuja ja lämpölamppuja tarjotakseen lemmikkilleen valon ja lämmön lähteen, mutta nämä tuotteet voivat olla haitallisia iguanan terveydelle. Jos iguana ei ole varovainen, se voi palaa, kun se joutuu kosketuksiin näiden tuotteiden kanssa. Palovammoja voidaan kuitenkin estää asentamalla suojalaite mahdollisesti haitallisten tuotteiden päälle tai ympärille.