Koirien aggressiolla voi olla lääketieteellinen perusta. Lääketieteellisesti aiheuttama aggressio voi johtaa murinaan, napsahtamiseen, hampaiden näyttämiseen ja kehon asettamiseen hallitsevaan asentoon. Koirien aggressiivisia lääketieteellisiä syitä ovat kilpirauhasen vajaatoiminta, hypoglykemia ja aivotulehdus.
Aivotulehdus, joka esiintyy aivotulehduksen kaltaisissa olosuhteissa, on yksi vakavimmista lääketieteellisistä syistä koirien aggressiolle. Raivotauti ja katko ovat molemmat viruksen aivotulehduksen tyyppejä. Tapauksissa, joissa aivotulehdus johtuu sairauksista, kuten enkefaliitista, aggressio on yleensä neurologinen reaktio aivojen tulehduksen vaikutukseen.
Hypoglykemia tai matala verensokeri on toinen mahdollinen syy aggressioon ja voi liittyä diabetekseen tai ei. Koirat, joilla on alhainen verensokeri, voivat tuntea olonsa epämukavaksi ja outoksi. Jos he tuntevat itsensä haavoittuvaksi, he voivat käyttäytyä aggressiivisesti välttääkseen heikkoutta. Koirat, joilla on alhainen verensokeri, voivat näyttää lasisilmäisiltä ja tuijottaa. Heikkoutta tai romahtamista voi esiintyä. Eläinlääkäri voi tehdä yksinkertaisen verikokeen hypoglykemian diagnosoimiseksi.
Kilpirauhasen vajaatoiminta on yksi yleisimmistä lääketieteellisistä aggression syistä koirilla. Hyvin alhaiset kilpirauhasen tasot vaikuttavat mielialaan. Kilpirauhasen korvaushoito on joissakin tapauksissa lievittänyt aggressiota koirilla, joilla on kilpirauhasen vajaatoiminta. Painonnousu, uneliaisuus ja suuren määrän hiustenlähtö ovat muita kilpirauhasen vajaatoiminnan oireita.
Yli 50 eri rotua ja roduja ovat alttiita kilpirauhasen vajaatoiminnalle, ja se on yksi tutkituimmista koiran aggression syistä. Käyttäytymismuutokset, erityisesti aggressio, ovat usein varhaisimpia merkkejä tästä tilasta. Jopa koira, joka oli ystävällinen vieraille, voi tulla aggressiiviseksi, jos sillä on erittäin alhainen kilpirauhasen taso. Eläinlääkäri voi suorittaa verikokeen kilpirauhasen vajaatoiminnan diagnosoimiseksi.
Koirien aggressiiviset lääketieteelliset syyt voivat joskus olla hienovaraisempia kuin muriseminen ja napsahtaminen. Koira voi yhtäkkiä alkaa seisoa ihmisten jaloilla tai estää oviaukot tapana vallata. Kognitiivisen toimintahäiriön oireyhtymän (CDS), jota joskus kutsutaan ”koiran Alzheimerin taudiksi”, uskotaan olevan toinen aggression syy. CDS voi johtaa käyttäytymismuutoksiin johtuen aivojen rappeutumisen aiheuttamasta aivosolujen menetyksestä.