Mikroskooppiset eläimet ovat eläimiä, jotka ovat liian pieniä näkymään paljaalla silmällä. Mikro -organismit, kuten bakteerit, ovat melkein liian pieniä nähdäkseen niitä ilman apua, vaikka niitä ei pidetä eläiminä. Eukaryoottisia (kompleksisoluisia) yksisoluisia organismeja, joilla on eläimellisiä ominaisuuksia, kutsutaan protisteiksi, mutta myös niitä ei pidetä osana Kingdom Animaliaa (tunnetaan myös nimellä metazoa). Todelliset eläimet ovat monisoluisia ja niillä on eriytettyjä kudoksia.
Eläimet, jotka ovat liian pieniä nähdäkseen ilman mikroskooppia, ovat kaikista eläimistä eniten. Jos ulkomaalaisia kehotettaisiin ottamaan satunnainen eläin Maasta, he todennäköisesti tarttuisivat johonkin mikroskooppiseen eläimeen. Yleisiä ovat planarians (flatworms); monenlaisia punkkeja, mukaan lukien pölypunkit ja hämähäkki punkit; ja äyriäiset, kuten käpälät ja kladocerans (vesikirput). Useimmat ovat sukkulamatoja (pyöreitä matoja), rotiferejä (vedensuodattimia) ja tardigrades (vesikarhuja). Etenkin sukkulamatot ovat luultavasti maailman lukuisimpia eläimiä, jotka edustavat vähintään 90 prosenttia kaikesta merenpohjan elämästä, ja niitä esiintyy kaikkialla kaikissa asutuskelpoisissa olosuhteissa maalla ja merellä.
Mikroskooppiset eläimet ovat osa koon jatkuvuutta, joka ulottuu viruksista aina suurimpiin eläviin organismeihin. Ne löysi ensimmäisen kerran hollantilainen tiedemies Antonie van Leeuwenhoek, ”Mikrobiologian isä”, vuonna 1675 käyttäen omia mikroskooppejaan, joista osa saattoi suurentaa jopa 500 kertaa. Pienin esine, joka voidaan nähdä ilman ihmissilmää, vaihtelee noin 1/40 – 1 mm, mutta “mikroskooppisella” tarkoitetaan usein kaikkia alle 1 mm leveitä, erityisesti alle 1/10 mm leveitä eläimiä.
Nämä pienet eläimet ovat äärimmäisen tärkeitä globaalille ekosysteemille, muodostavat merkittävän osan biomassasta ja edustavat joidenkin ruokaverkkojen perusta. Pienimmät, kuten pyörivät, elävät enimmäkseen bakteereilla, kun taas suuret yksilöt kuluttavat pienempiä eläimiä tai imevät nesteitä puista. Punkit ovat erityisesti sopeutuneet jälkimmäiseen, ja niitä esiintyy suurina määrinä monien kasvien lehtien alla. Pölypunkkeja, jotka ovat yleisin allergioiden aiheuttaja, löytyy lähes jokaisesta ihmisen kodista planeetalla, missä ne selviävät kuolleista ihosoluista, jotka putoavat ihmisistä. Yleinen strategia näiden pienien eläinten tappamiseksi on vähentää ympäristön kosteutta.
Koska mikroskooppisia eläimiä on niin paljon ja niitä on jaettu, tiede on kuvannut vain osan niistä. Muita löydetään varmasti tulevaisuudessa, mikä lisää tutkijoiden tietämystä planeetan biologisesta monimuotoisuudesta.