Yleisimmin raportoidut astaksantiinin sivuvaikutukset ovat vaarattomia pigmenttimuutoksia, kuten hieman oranssi sävy iholle tai ulosteeseen. Jopa suurilla annoksilla ei ole havaittu toksisia vaikutuksia eläimillä tai ihmisillä. Muilla, harvinaisimmilla astaksantiinin sivuvaikutuksilla on suurempi vaikutus, ja haittavaikutuksilla, kuten matalalla verenpaineella ja hormonitasojen muutoksilla, voi olla vakavia terveysvaikutuksia.
Astaksantiinia käytetään yleisimmin lisäaineena eläinten rehuun, ja se lisää pigmenttiä rapuihin, katkarapuihin, hummereihin ja lohiin, antaen niille tutun punertavan oranssin värin. Eläinrehun lisäaineena astaksantiini tunnustetaan yleisesti turvalliseksi Yhdysvaltain liittovaltion sääntöjen mukaisesti, ja useimmat ihmiset voivat kuluttaa astaksantiinilla syötettyjä mereneläviä ilman mitään reaktiota. Vuonna 1999 Yhdysvaltain elintarvike- ja lääkevirasto hyväksyi astaksantiinin elintarvikkeiden ainesosiksi ihmisravinnoksi.
Ravintolisänä astaksantiinia käytetään useimmiten antioksidanttina alentamaan kolesterolia. Kannattajat suosittelevat myös astaksantiinia parantamaan silmien terveyttä ja hoitamaan rannekanavaoireyhtymää, niveltulehdusta, lihasvaurioita, ruoansulatuskanavan vaivoja ja miesten hedelmättömyyttä. On kuitenkin huomattava, että näiden väitteiden tueksi ei ole riittävästi todisteita, eikä tälle lisäaineelle ole osoitettu olevan terveyshyötyä.
Yleisiä astaksantiinin sivuvaikutuksia ovat lisääntynyt pigmentti, hiusten kasvu, hormonitasojen muutokset ja matala verenpaine. Myös kalsiumpitoisuuden laskua, libidon heikkenemistä ja rintojen suurenemista miehillä on havaittu, mutta nämä astaksantiinin sivuvaikutukset ovat harvinaisempia. Allergiset reaktiot ovat myös mahdollisia ja voivat olla varsin vaarallisia. Astaksantiinia ja astaksantiinilla ruokittuja ruokia tulisi välttää kaikkien, jotka ovat allergisia tälle aineelle.
Huumeiden yhteisvaikutukset ovat toinen vakava huolenaihe. Esimerkiksi verenpainelääkitys voi lisääntyä astaksantiinilla ja voi aiheuttaa verenpaineen laskun vaarallisen matalalle. Lisäaineen vaikutukset hormonitasoihin voivat vaikuttaa hormonihoitoihin ja syntyvyyden hallintaan. Samanlaisia ristireaktioita on havaittu joidenkin antihistamiinien kanssa, ja astmalääkkeet eivät ehkä reagoi hyvin astaksantiiniin. Myös maksaentsyymit, jotka ovat vastuussa erilaisten lääkkeiden poistamisesta verestä, voivat vaikuttaa, mikä lisää näiden lääkkeiden pitoisuutta verenkierrossa.
Reaktiot ovat mahdollisia myös muiden lisäravinteiden ja yrttilääkkeiden kanssa. Saw palmetto, musta cohosh tai muut lääkkeet, jotka vaikuttavat hormoneihin, voivat reagoida arvaamattomasti. Astaksantiinin sivuvaikutukset, kuten matala verenpaine ja alentuneet kalsiumpitoisuudet, voivat vahvistaa aineilla, joilla on samanlaisia vaikutuksia. Muiden karotenoidien antioksidanttien, kuten beetakaroteenin ja lykopeenin, käyttö astaksantiinin kanssa vähentää imeytymistä eikä sitä suositella.