Bentsoyyliperoksidia käytetään usein aknen puhdistamiseen, mutta monet potilaat kokevat joitain sivuvaikutuksia hoidon aikana. Suurin osa yleisimmistä bentsoyyliperoksidin sivuvaikutuksista on ajankohtaisia ja vaikuttaa vain kasvojen ihoon. Esimerkiksi pidetään normaalina havaita kuiva iho, joka tuntuu hellältä ja näyttää punaiselta tämän tyyppisen aknehoidon jälkeen. Vakavampia sivuvaikutuksia ovat rakkulat ja kuorinta sekä akne, joka näyttää todella pahenevan bentsoyyliperoksidin käytön jälkeen. Toisaalta ne, jotka ovat allergisia tälle lääkkeelle, saattavat huomata enemmän kuin vain ajankohtaisia sivuvaikutuksia, koska heidän voi jopa olla vaikea hengittää.
Tietyt bentsoyyliperoksidin haittavaikutukset näkyvät vain hoidon alussa ja häviävät, kun iho tottuu lääkitykseen. Esimerkiksi sitä pidetään tyypillisenä, että iho tuntuu kuivalta ja hieman ärtyneeltä tämän lääkkeen levittämisen jälkeen. Se voi tuntua hellältä ja näyttää punaiselta myös tänä aikana. Valitettavasti jotkut ihmiset huomaavat myös, että heidän ihonsa alkaa hilseillä, kun se tottuu hitaasti lääkitykseen, vaikka heidän tulisi myös huomata, että heidän aknensa häviää vähitellen samaan aikaan. Näiden lievien bentsoyyliperoksidin sivuvaikutusten vuoksi lääkäri neuvoo monia potilaita käyttämään lääkitystä vain joka toinen päivä, kunnes iho tottuu siihen.
Jotkut potilaat huomaavat äärimmäisiä sivuvaikutuksia, joita on vaikea sivuuttaa. Iho voi alkaa rakkuloida tai kuoriutua, ja siinä voi olla jatkuva punainen sävy. Ei ole yllättävää, että punaisiin kasvoihin voi liittyä lämpöä ja pistelyä. Nämä bentsoyyliperoksidin sivuvaikutukset on tyypillisesti ilmoitettava lääkärille, varsinkin jos näyttää siltä, että akne ei ole alkanut selvitä. Itse asiassa jotkut ihmiset huomaavat, että akne pahenee entisestään, mikä voi osoittaa, että tämä ei ole paras lääke heille.
Vaikka joitain bentsoyyliperoksidin sivuvaikutuksia pidetään vähäisinä ja jopa odotettavissa, toiset ovat merkkejä allergiasta, mikä tarkoittaa, että joidenkin potilaiden on lopetettava lääkkeen käyttö välittömästi. Esimerkiksi nokkosihottumaa, kasvojen punaista ihottumaa tai jatkuvaa kutinaa ei yleensä pidetä normaalina. Tämä pätee erityisesti, jos näihin sivuvaikutuksiin liittyy rinnassa kireä tunne, joka vaikeuttaa hengittämistä, sekä huimaus. Tällaiset bentsoyyliperoksidin sivuvaikutukset osoittavat yleensä allergian ja vaativat tyypillisesti välitöntä lääkärinhoitoa.