Glukosamiinikondroitiinin sivuvaikutukset ovat suhteellisen harvinaisia ja ovat yleensä lieviä, kun niitä ilmenee, vaikka kaikki negatiiviset oireet, jotka alkavat tämän lääkityksen ottamisen jälkeen, on ilmoitettava lääkärille lääketieteellistä arviointia varten. Joitakin yleisimmin raportoituja glukosamiinikondroitiinin sivuvaikutuksia ovat ruoansulatuskanavan häiriöt, huimaus ja päänsärky. Diabeetikot voivat kohota verensokeritasoaan tämän lisäaineen käytön aikana. Jotkut vakavimmista mahdollisista sivuvaikutuksista ovat sydämentykytys, turvotus tai hengitysvaikeudet. Mahdollisista glukosamiinikondroitiinin mahdollisista sivuvaikutuksista yksittäisessä tilanteessa tai erityisistä kysymyksistä tai huolenaiheista on keskusteltava lääkärin tai muun lääketieteen ammattilaisen kanssa.
Ruoansulatuskanavan häiriöt ovat yleisimmin raportoituja glukosamiinikondroitiinin sivuvaikutuksia. Lievää tai kohtalaista pahoinvointia voi esiintyä oksentelun kanssa tai ilman. Tämän lääkkeen ottaminen ruoan tai maidon kanssa voi auttaa vähentämään tämän oireen vakavuutta. Jotkut ihmiset, jotka käyttävät tätä ravintolisää, voivat kokea ripulia, ummetusta tai vuorotellen molempia. Myös tätä lääkettä käyttävät ovat raportoineet närästystä, turvotusta ja lisääntynyttä ilmavaivoja.
Päänsärky, huimaus ja uneliaisuus ovat mahdollisia glukosamiinikondroitiinin sivuvaikutuksia. Diabetespotilailla voi joskus esiintyä korkeita verensokeriarvoja, joita kutsutaan hyperglykemiaksi. Ne, joilla on hengityselinsairauksia, kuten astma, voivat huomata oireiden lisääntymisen käyttäessään tätä lääkettä. Vaikka useimmat näistä sivuvaikutuksista ovat yleensä lieviä, kaikista jatkuvista tai kiusallisista oireista on keskusteltava lääkärin kanssa.
Vakavampia glukosamiinikondroitiinin sivuvaikutuksia, joista on ilmoitettava lääkärille välittömästi, ovat rintakipu, hengitysvaikeudet tai merkittävä hiustenlähtö. Myös käsien ja jalkojen turvotuksesta on ilmoitettava heti, koska tämä voi olla merkki heikentyneestä munuaisten toiminnasta. Kasvojen turvotus, erityisesti jos siihen liittyy hengitysvaikeuksia tai nielemisvaikeuksia, voi viitata mahdollisesti hengenvaaralliseen allergiseen reaktioon, joka tunnetaan anafylaksiana. Vatsakipu, joka jäljittelee hapon refluksointia, on arvioitava sen varmistamiseksi, että vakavia ruoansulatusongelmia ei ole.
Jotkut ihmiset eivät ehkä pysty käyttämään turvallisesti glukosamiinikondroitiinilisää. Jos nämä potilaat päättävät käyttää tätä lisäainetta, lääkärin tarkka seuranta on suositeltavaa. Niiden, jotka käyttävät lääkkeitä, kuten verenohennuslääkkeitä tai joilla on ollut verenvuotohäiriöitä, tulisi käyttää äärimmäistä varovaisuutta käytettäessä tätä lisäainetta. Potilaiden, jotka ovat allergisia äyriäisille, tulisi välttää tämän tuotteen käyttöä, koska se on tyypillisesti valmistettu näiden merieläinten kuorista. Raskaana olevia naisia ja imettäviä kehotetaan yleensä välttämään tätä lääkettä.