Ne, joilla on gluteeni-intoleranssi, osoittavat yleensä useita erilaisia oireita, joten on tärkeää, että he nauttivat vain gluteenittomia elintarvikkeita ongelman poistamiseksi. Jotkut yleisimmistä gluteeni -intoleranssioireista ovat masennus, ärtyneisyys, väsymys ja äkilliset painonmuutokset. Ruoansulatusongelmat ovat yleisiä myös tästä autoimmuunisairaudesta kärsivien keskuudessa, mukaan lukien vatsakipu, turvotus, ummetus ja kouristukset. Lopuksi, usein esiintyvät infektiot voivat olla myös merkki gluteeni -intoleranssista, koska immuunijärjestelmä on yleensä heikentynyt. Koska monet näistä oireista voivat ilmoittaa erilaisista häiriöistä, gluteeni -intoleranssi diagnosoidaan yleensä vasta, kun lähes kaikki niistä havaitaan potilaalla.
Yksi yleisimmistä gluteeni -intoleranssin oireista, joista ihmiset voivat valittaa äärimmäisestä väsymyksestä. Tämä ei ole yllättävää, koska tämä oire on yksi valitetuimmista sairauksista, mutta gluteeni -intoleranssilla on myös joukko muita merkkejä, kuten masennus ja ärtyneisyys. Toinen yleisimmistä gluteeni -intoleranssioireista on selittämätön painonnousu, kun noudatetaan ruokavaliota, joka sisältää gluteenia sisältäviä elintarvikkeita, vaikka jotkut ihmiset kokevat myös äkillistä laihtumista.
Jotkut yleisimmin havaituista gluteeni -intoleranssioireista liittyvät ruoansulatuskanavaan, mikä ei ehkä ole yllättävää, koska tämän häiriön pääasiallinen syyllinen on elintarvike. Ummetus ja sitä seuraava turvotus ilmenevät yleensä gluteeniherkkyydestä kärsivillä. Toisaalta ripuli ja vatsakipu havaitaan usein myös gluteeni -intoleranssilla. Jotkut ihmiset voivat kokea ripulia ja ummetusta vuorotellen päivinä, mikä johtaa kouristuksiin, vatsakipuun ja yleiseen epämukavuuteen.
Vaikka kyvyttömyys torjua monia infektioita saattaa vaikuttaa siltä, että ne eivät liity tähän sairauteen, se on todella odotettavissa, koska gluteeni -intoleranssi johtaa tuhoamiseen ohutsuolen limakalvoon. Koska juuri tässä sijaitsee suuri osa kehon immuunijärjestelmästä, ei pitäisi olla yllätys, että vasta -aineita, jotka yleensä torjuvat infektioita, on niukasti. Tämä jättää limakalvot, kuten silmät, suun, poskiontelot ja emättimen, patogeenien armoille, mikä usein johtaa usein vilustumiseen ja tulehduksiin, jotka vaikuttavat poskionteloihin, emättimeen, silmiin ja virtsateihin. Lisäksi vasta -aineiden niukkuus vaikuttaa suuresti myös hengitysteihin ja ruoansulatuskanavaan, mikä johtaa usein vatsavaivoihin, kuten haavaumiin ja suoliston häiriöihin. Muita näennäisesti toisiinsa liittymättömiä gluteeni -intoleranssioireita ovat miesten ja naisten hedelmättömyys, vitamiinin puutteet, anemia, laktoosi -intoleranssi, päänsärky, mielialan vaihtelut ja kipeät luut ja nivelet.