Heraproteiinin sivuvaikutuksia pidetään yleensä vähäisinä, vaikka joitakin niistä on olemassa. Monet heraproteiinissa esiintyvistä yhdisteistä ovat yleisiä useimmissa ruokavalioissa, vaikka suuret proteiinipitoisuudet voivat aiheuttaa joillekin ihmisille ruoansulatusvaivoja, pahoinvointia, munuaisongelmia ja muita vaivoja. Lisäksi allergisia reaktioita voi esiintyä niille, jotka ovat laktoosi -intolerantteja. Tiettyjä lääkkeitä ja antibiootteja käyttäviä ihmisiä voidaan myös varoittaa heraproteiinin ottamisesta.
Useimmiten heraproteiinin sivuvaikutukset eivät ole ominaisia itse tuotteelle. Pikemminkin tällaiset vaikutukset viittaavat tuotteessa olevien proteiinien, kalsiumin, hiilihydraattien, laktoosin tai muiden yhdisteiden ja ravintoaineiden määrään. Toisin sanoen suurin osa sivuvaikutuksia tai vuorovaikutusta aiheuttavista ainesosista löytyy keskimääräisestä ruokavaliosta.
Kuten nimestä voi päätellä, tuote sisältää runsaasti proteiinia. Ylimääräinen proteiini voi painaa liikaa munuaisia. Se myös tyhjentää kehon tietyistä vitamiineista ja kivennäisaineista. Tästä syystä ne, jotka noudattavat runsaasti proteiineja sisältävää ruokavaliota, käyttävät usein monivitamiinilisää. Runsasproteiininen ruokavalio, kuten heraproteiinia säännöllisesti käyttävät, voi myös nostaa veren happamuutta, joka on pidettävä mahdollisimman lähellä neutraalia (7.0 pH-asteikolla).
Niillä, jotka eivät harrasta säännöllistä liikuntaa, ei ehkä ole syytä ottaa heraproteiinia, etenkin länsimaisessa kulttuurissa, jossa suuret proteiinimäärät ovat tavallisia keskimääräisessä ruokavaliossa. Heraproteiinin sivuvaikutuksia voidaan välttää ottamalla tuote vain yrittäessään rakentaa lihasmassaa tai laihtua. Kumpikaan näistä eduista hyötyy vain, kun mukana on liikuntaa ja yleistä terveellistä ruokavaliota.
Jotkut heraproteiinin sivuvaikutukset johtuvat tuotteen laktoosimäärästä, joka on yleensä lähellä 5 tai 6 prosenttia. Jälleen, kuten nimestä voi päätellä, heraproteiini tulee maidossa olevasta yhdisteestä, jota kutsutaan heraksi, joka on erotettu juuston valmistuksessa käytetyistä juustoista. Maidon ja heran ensisijainen sokeri on laktoosi, jota monet ihmiset eivät siedä. Laktoosi -intoleranssi voi aiheuttaa ruoansulatusvaivoja ja vaivoja. Heraproteiini -isolaatti, joka sisältää alle prosentin laktoosisokerista, on saatavana niille, jotka kärsivät laktoosi -intoleranssista.
Väärä annostus voi myös aiheuttaa joitain heraproteiinin sivuvaikutuksia. Tuotetta pidetään yleensä sekä turvallisena että hyödyllisenä, kun sitä käytetään asianmukaisella tasolla. Liika nauttiminen voi kuitenkin aiheuttaa pahoinvointia, suoliston lisääntymistä, väsymystä ja ruokahaluttomuutta.
Heraproteiinin ja tiettyjen reseptilääkkeiden tai antibioottien välillä on joitakin vuorovaikutuksia. Esimerkiksi tetrasykliinejä käyttävät saattavat haluta olla varovaisia, koska heraproteiinin korkeat kalsiumpitoisuudet voivat estää tetrasykliinien imeytymistä mahalaukkuun. Tämä ongelma voidaan ratkaista välttämällä heraproteiinin ja tetrasykliinien kulutusta neljän tunnin kuluessa toisistaan. Lääkäri todennäköisesti antaa tällaisia tietoja, ja monet tuotemerkit tarjoavat kattavia merkintöjä, varoituksia ja ravitsemustietoja tuotteidensa puolella.