Joitakin yleisimpiä juurikanavan sivuvaikutuksia ovat kipu tai epämukavuus, hampaiden kasvun pysähtyminen ja hampaan värjäytyminen ja heikkeneminen. Vaikka jotkin näistä sivuvaikutuksista vaativat hammashoitoa, ne ovat yleensä vaarattomia ja viittaavat harvoin juurikanavaongelmiin. Muut sivuvaikutukset voivat kuitenkin tarkoittaa juurikanavan komplikaatioita. Näitä sivuvaikutuksia ovat voimakas kipu, infektio ja säröillä oleva hammas. Hammaslääkäri saattaa pystyä kääntämään nämä komplikaatiot tai potilas saattaa tarvita leikkausta hampaan pelastamiseksi.
Luultavasti yleisin juurikanavan sivuvaikutuksista on lievä tai kohtalainen epämukavuus tai kipu, jota potilas voi kokea sekä toimenpiteen aikana että sen jälkeen. Monet potilaat kuvaavat kipua, jota he kokevat juurekanavan saamisen aikana, samanlaiseksi kuin kipu, joka on tavallista tavallisen hampaan täytteen saamisen yhteydessä. Koska potilailla on taipumus kokea tietty määrä kudostulehdusta juurikanavan saamisen jälkeen, monet kokevat tämän kivun edelleen muutaman päivän ajan juurikanavan jälkeen. Tämä pätee erityisesti, jos heillä oli jo kipua tai infektio ennen toimenpidettä. Hammaslääkärit suosittelevat yleensä hallitsemaan kipua käsikauppalääkkeillä, kunnes se häviää.
Muita yleisiä ja ei-uhkaavia sivukanavia juurikanavaan voivat kuulua suun ja kasvojen tunnottomuus tai pistely. Tämä johtuu anestesiasta, jota käytetään estämään potilasta tuntemasta kipua toimenpiteen aikana, ja se kuluu muutaman tunnin kuluttua hammaslääkärin vastaanotolta poistumisesta. Jos potilas on lapsi, mutta hammas on pysyvä, hammas voi lakata kasvamasta lopullisesti. Joillekin potilaille kehittyy pieniä haavaumia tai rakkuloita ikenen lähellä hammasta bakteerien vuoksi, jotka olivat aiemmin tartunnan saaneessa hampaassa ja massassa, mutta niiden pitäisi poistua muutaman päivän kuluttua. Potilaat voivat myös odottaa tiettyjä hampaiden värimuutoksia ja heikkoutta, vaikka nämä juurikanavan sivuvaikutukset eivät ehkä ilmene vuosiin toimenpiteen jälkeen.
On vakavampia sivuvaikutuksia, jotka voivat viitata juurikanavan komplikaatioihin. Näitä ovat voimakas kipu, joka ei reagoi OTC -kipulääkkeeseen tai haalistuu muutaman päivän kuluessa, hampaan halkeama tai mikä tahansa muu tuskallinen tai “pois” tunne, jonka potilas on voinut liittyä hampaaseen, joka ei mene pois. Jokaisen potilaan, joka kokee tällaisia haittavaikutuksia, tulee käydä hammaslääkärillä mahdollisimman pian, koska ne voivat olla oireita tietyistä juurikanavaongelmista, kuten juurikanavainfektiosta. Jotkut juurikanavaongelmat voidaan korjata ja hammas voidaan pelastaa toisella juurikanavalla tai endodontisella leikkauksella. Jos ongelmat ovat riittävän vakavia, hammaslääkärin on ehkä poistettava hammas.
Jos potilas huolehtii asianmukaisesti hampaastaan, se voi kestää koko hänen elämänsä. Silti jotkut juurikanavan sivuvaikutukset, kuten hampaiden heikkeneminen ja värimuutokset, vaativat hammaslääkäriä ja potilasta ajattelemaan tulevaa hammashoitoa. Esimerkiksi hampaan pysyvän täytteen levittäminen voi auttaa pitämään sen turvassa pitkään. Kruunun kiinnittäminen hampaan päälle voi auttaa hammasta kestämään pidempään, mahdollisesti ikuisesti, ja piilottamaan värimuutokset. Tilanteesta riippuen nämä ovat näkökohtia, joista potilas ja hammaslääkäri voivat keskustella välittömästi tai ne voidaan säästää myöhempää ajankohtaa varten.